甲状腺疾病有甲状腺功能亢进、甲状腺功能减退、甲状腺肿大、甲状腺结节、甲状腺肿瘤等。
治疗甲状腺疾病一般会优先使用药物或者其他治疗手段。治疗的原则是，在不损害甲状腺功能的前提下，对疾病进行治疗。如果甲状腺经常反复或者恶化，可以通过切除位置来根治。不过，这种治疗方式会造成永久性的损伤，需要长期服用药物来恢复甲状腺功能。
甲状腺检查有形态检查和功能检查两种。
形态学检查包括甲状腺彩超、甲状腺CT、核磁共振等，可直观观察甲状腺大小、有无结节及结节情况，有助于分级评估甲状腺结节的良恶性。临床常用甲状腺彩超是最方便、最经济的检测，具有很好的参考价值。功能检测是指采血检测甲状腺功能，有甲状腺功能3项、5项、6项或8项，包括T3、T4、TSH等指标，主要判断甲状腺功能是否亢进或下降，是否存在甲状腺相关抗体。无论患者是否进食，甲状腺激素水平基本保持不变，无需空腹检测甲状腺功能。
一般可以使用抗甲状腺药物治疗和碘放射治疗的方法。药物治疗是治疗甲状腺增大的基础。也可以使用碘放射治疗，主要通过破坏甲状腺组织来减少甲状腺激素的产生。
甲状腺检测的指标有这几种，甲状腺功能测定，甲状腺血清学检查：如T3、T4、FT3等，甲状腺131I摄取率，动态试验如TRH兴奋、T3抑制试验，高灵敏度促甲状腺素免疫放射测定，过氯酸盐排铋试验，B超检查显示甲状腺的形态、大小、结构，甲状腺放射性核素扫描，颈部X线照片可观察腺体内钙化灶和气管是否受压移位，颈部CT、MRI明确甲状腺及其肿物与邻近组织的关系，甲状腺穿刺活检或细针穿吸细胞学检查。
甲状腺炎如长期淋巴细胞性甲状腺炎出现甲状腺功能不正常，通常情况下，甲减出现概率较高，甲减的发生需甲状腺激素代替治疗，并定期监测甲状腺功能改变，调节甲状腺激素剂量。
在妊娠期间一般都不使用甲状腺素片进行辅助治疗，但是对于一些特殊类型的甲状腺肿瘤，则需要采用甲状腺素片联合亚叶酸钙或者甲状旁腺素等药物进行治疗。如产后甲状腺炎，大多数产妇甲状腺炎可随时间推移而逐步改善。
有些病人可有甲状腺功能减退，需使用甲状腺激素进行药物替代，如亚急性甲状腺炎，通常情况下，非甾体类抗炎药的使用，严重者需加激素处理。