进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
胃镜检查时，医生右手持镜前段将胃镜放入舌根部，此时病人进行吞咽动作，将胃镜送入食道，而后继续向下送镜子观察胃及十二指肠情况。肠镜是利用一条装有微型摄影机的纤维软管进行检查，其由肛门进入肠道，顺势观察肠腔情况。
包括了肛门检查。在全麻下进行，操作者将粗约两公分的肠镜，经过润滑之后，插进肛门。一直要到达回盲部，靠近阑尾的部位。然后缓慢退出，一边退出镜头，一边打气体。利于充分暴露周围组织。如果遇到粪便，需要积极的吸净，有利于观察。当退到乙状结肠，直肠后，还可以观察直肠，肛管以及内痔的情况。
如果同房导致妊娠，可以在7-10天后用早孕试纸进行检测，也可以到医院采血检测HCG和孕酮，可以初步诊断妊娠。现在怀疑自己怀孕了，可以去药店买一个怀孕测试棒或早孕试纸来测试，以确定怀孕，月经推迟约10天前去医院做B超检查，以确定是否怀孕。
可用于检测不明原因的消化道出血、慢性腹泻、低位肠梗阻、大肠肿瘤、息肉等。其检查内容包括肛管、直肠、乙状结肠、结肠回盲部等部位，且可以进行活体的病理学和细胞学检查。
