碱性磷酸酶含量偏高可能是肝功能有损伤，有生理性升高和病理性升高，生理性增高可能是过量进食高脂肪食物，病理性升高多见于佝偻病、软骨病、还有肝胆类病症如肝癌、肝炎肝硬化等。
儿童碱性磷酸酶偏高的原因的因素有很多，可以分为生理原因和病理原因。生理原因：正处于生长发育期的儿童，骨组织中的碱性磷酸酶很活跃，含量较多，会出现碱性磷酸酶偏高的情况。病理原因：骨骼疾病、严重性贫血、胆汁淤积性肝炎、梗阻性黄疸、原发性肝癌等都会造成碱性磷酸酶偏高的现象。
骨源性碱性磷酸酶，即为NBAP，骨碱性磷酸酶是成骨细胞的表型标志物之一，可直接反映成骨细胞的活性或功能状况。近年主要用于小儿佝偻病早期诊断和亚临床鉴别的特异性参考指标，也是目前用于评估人体骨矿化障碍的最佳指标。
单纯的血清碱性磷酸酶低于正常范围时，不结合其他检查结果不具有代表性，需要结合其他检查结果，共同进行诊断。另外，在重症慢性肾炎，甲状腺功能不全，严重贫血，营养不良，维生素缺乏，坏血病，呆小症等疾病中会出现碱性磷酸酶降低的现象。
小三阳碱性磷酸酶偏高，可以检查乙肝病毒DNA定量，如无异常，说明乙肝病毒并没有大量复制，酶学异常也不是乙肝病毒导致的，只需适当口服复方甘草酸苷，谷胱甘肽等保护肝治疗即可。
如果肝功能异常主要以谷氨酰转肽酶和碱性磷酸酶升高为主，那么主要病变在胆管，最常见的原因是结石引起的胆道梗阻，梗阻后引起肝脏本身轻度损害，故同时也可以见到谷丙转氨酶和谷草转氨酶的轻度升高，如果肝功异常主要以谷丙转氨酶和谷草转氨酶为主。
