在治疗HPV病毒感染时，要根据病情选择适合自己的治疗方法，现在治疗HPV病毒感染的方法一般有物理治疗和药物治疗，病情严重的也要接受手术治疗，因此，要听取医院的结果，根据病情程度选择治疗手段。在治疗HPV感染过程中还要注意不要传染给他人，应禁止性生活，预防将病毒传播给伴侣，防止自己痊愈后再一次通过性接触感染HPV病毒。
感染的部位和类型不同，治疗是不同的。长在外阴、阴道、肛周的HPV低危型的病毒，可以观察，不用治疗。宫颈HPV低危型的病毒也可以观察，不用治疗。但是高危型宫颈HPV感染需要定期复查，感染16型、18型，可以直接阴道镜检查，观察有没有癌变，采取的治疗办法是微波治疗、光动力治疗、局部封闭或者是涂药治疗等。
感染HPV病毒，可考虑用激光、冷冻、电灼、微波等物理治疗方法去除疣体，病毒没有扩散做好术后护理，再配合干扰素治疗是不错的，尖锐湿疣是病毒感染，其病毒在皮肤黏膜下，所以病很容易复发的，只有清除病毒才能达到治疗目的。
口腔HPV感染症状不是特别明显，一段时间后可逐渐自愈，不用治疗。口腔HPV病毒感染在口腔中表现为口腔的黏膜炎。黏膜炎指口腔黏膜局部充血或轻度糜烂，但其与普通的溃疡或糜烂不同。
出现HPV病毒感染是感染了人类乳头瘤病毒，是性病的一种，也可见于接触其他人类乳头瘤病毒感染患者被传染导致，可以使用干扰素等抗病毒药物治疗，另外可以根据临床症状对症治疗，可以到正规医院检查，在医院指导下进行治疗，注意卫生，暂停性生活，不要和其他人进行密切接触，防止出现传染。
盆腔炎应以抗生素为主，必要时可采用外科手术。
通过合理的抗生素治疗，可以有效地消除病原体，减轻患者的症状和体征，并且在适当的药物和药物的配合下，大部分的盆腔炎都能得到根治。抗生素治疗应遵循经验性、广谱性、适时和个体化的原则。根据药物敏感性试验，选择抗菌素是较为合理的选择，但是往往在得到实验室检测结果之前就必须使用抗菌药物。在诊断为盆腔炎症的48小时内，选用广谱抗生素和联合用药，可显著减少并发症。
