一般来说，念珠菌感染应当通过以下方式治疗。具体分析如下：
念珠菌是一种能感染口腔，食管，女性生殖系统，肺部的真菌。也有可能在血液中蔓延，导致血液循环，从而导致多种脏器的传染。易患有免疫力差、抗生素滥用或免疫抑制剂长时间服用者。治疗方法以抗菌药物为主。氟康唑、伊曲康唑、制霉菌素等都是治疗念珠菌病的常用药物。对于身体表面的感染性疾病，可以通过药物或者是物理疗法来进行。
需要注意的是，生活中定期清洗外阴，保持局部的清洁、干燥，出门在外，尽量不要使用宾馆的浴盆。
男性念珠菌感染需要进行抗真菌治疗，因为念珠菌是属于真菌类的病原体，所以在治疗过程中，需要选择口服广谱的抗菌药物，另外也有比较多的外敷药物，也具有抗真菌的药效果，如果男性念珠菌感染比较严重，可以选择口服药物和外敷药物，同时联用，效果会更好。
念珠菌感染治疗原则是消除诱因，同时用抗真菌的药物治疗。首先消除诱因，比如停用广谱抗生素，积极治疗糖尿病，不要穿过紧的裤子，注意性生活卫生，勤换内裤，用过的内裤，盆或者毛巾，用开水烫洗。其次药物治疗，有全身用药和局部用药。
男性念珠菌感染用抗真菌的药物进行治疗，男性的外生殖器有念珠菌感染时主要表现是生殖器红肿，分泌物多，伴有搔痒，并发尿路感染时会出现尿频、尿急、尿痛。男性念珠菌感染的主要方式有一个是通过性生活传播，因为女性阴道内本身就有念珠菌存在。
采用全身用药和局部用药的方式来进行综合治疗，可以使用抑菌的内塞凝胶，同时配合使用抗炎累药物治疗，外用抑菌软膏涂抹外阴，治疗期间要禁止性生活，念珠菌感染后具有传染性，尽量是夫妻同治。
局部用药，用于部分皮肤和粘膜念珠菌病，全身用药用于局部用药无效的皮肤粘膜念珠菌病，以及部分粘膜系统性念珠菌病的治疗。药物选择，由于耐药菌株的不断增加，应根据真菌的药物敏感实验来选择药物，在经验性治疗中对于皮肤粘膜念珠菌病，通常使用吡咯类药物，相对安全有效；而对于侵袭性念珠菌病，两性霉素B和吡咯类药物均可采用，但如果是重症感染或重要部位非白念珠菌感染，则两性霉素B优先考虑，待药敏结果出来后再做调整。
