人体免疫系统是覆盖全身的防卫网络，保护身体有三道防线：皮肤、粘膜及其分泌液、细胞膜、呼吸道、胃肠道、尿道及肾脏。还有吞噬作用、抗菌蛋白和炎症反应。还有主要由免疫器官扁桃体、淋巴结、胸腺、骨髓和脾脏等和免疫细胞淋巴细胞、吞噬细胞等借助血液循环和淋巴循环而组成的。
人体免疫系统由两方面组成：特异性免疫和非特异性免疫。其中，非特异性免疫又称“先天免疫”，是人类在长期种系发育和进化过程中，逐渐形成的天然防御功能，特点是有遗传性，生来具有，对多种病原体均有一定的防御作用。
比较早期出现的免疫应答是一些多功能细胞因子的释放。宿主细胞在刺激作用下可以一直病毒的入侵和复制。体液免疫可以通过呈递非己的病毒蛋白片段刺激B细胞分化产生抗体，防止病毒侵入细胞。通过Tc细胞杀死寄居病毒的体细胞，使病毒没有生存依赖。巨噬细胞可以通过ADCC作用清除病毒。
免疫系统脑炎患者吃清淡食物通常比较好。
免疫系统脑炎通常是指自身免疫性脑炎，这种疾病的患者的抵抗力通常会很差，平时要多吃一些新鲜的水果和蔬菜，例如香蕉、苹果等。另外，患者平时也要多吃些易消化的食品，如馒头、面条等，以免加重胃肠道负担，防止出现恶心、呕吐等症状。此外，患者要注意不要食用过多的油腻食物，同时可以多吃一些含有丰富蛋白质的肉类，例如鸡肉、牛肉、鱼肉等。
脑炎与自身的免疫系统相关，当病人自身免疫力较差时，会导致免疫缺陷性病变。
某些病菌，如细菌、病毒、霉菌等，很可能会通过人体的血液传播，进而影响到中枢神经，从而引发脑炎。也有可能是由于Hiv病毒引起的免疫系统的不足，从而引起了真菌感染，从而引起了细菌感染的脑炎，例如隐球菌感染会引起隐球菌性脑炎。这种情况下，要进行抗菌药物的治疗，并且会有一定的难度，病人的预后也会很差。
免疫系统出现紊乱，可以多喝酸奶，坚持均衡饮食。多喝开水，能使鼻腔和口腔内的黏膜保持湿润，感觉清新充满活力。经常喝茶，茶叶中含有茶氨酸等化学物质，能够调动人体的免疫细胞，抵御细菌、真菌和病毒的感染。
