巧克力囊肿确诊良性还是恶性应该予以手术探查的，囊肿切除之后立刻在手术室里进行冷冻切片显微化验，以确定囊肿是属良性或恶性。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。
如果肠道菌群失调，可以吃点调节肠道菌群的药物，如果是排气不畅，饮食方面可以吃点促进胃肠蠕动的食物，比如高纤维的白菜、芸豆、芹菜等，多喝水，以及含水丰富的水果等，比如现在有的梨、西瓜等。
盆腔包块不是巧克力囊肿，盆腔包块大多数是指起源于附件的包块，即输卵管和卵巢来源的包块。其中来源于卵巢更多见，盆腔包块有良性和恶性之分。巧克力囊肿又叫做卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种。这些异位的子宫内膜组织与正常子宫组织类似。巧克力囊肿变大，有时会引起痛经，有时会破裂引起剧痛。巧克力囊肿不会发展成癌，概率非常低。囊肿已经超过了5厘米，建议及时手术治疗。
巧克力囊肿在临床上最主要的症状会出现经期下腹部疼痛，并且疼痛呈逐渐加重的趋势，表现为月经不规律、月经量的改变。临床上还会出现反复的下腹部疼痛。由于巧克力囊肿不仅可以引起卵巢局部的变化，还可能会导致盆腔组织粘连，会引起下腹部疼痛，这种疼痛常常是在月经期或者性生活的时候疼痛加重，对于卵巢巧克力囊肿，临床上一旦发现建议尽快给予手术治疗。
卵巢良性肿瘤和恶性肿瘤的鉴别，大概分四个方面。首先根据卵巢囊肿出现的时间，还有生长速度。如果说生长的非常缓慢，就逐渐增大，是良性肿瘤。病程比较短，迅速增长的，是恶性肿瘤。良性的多为单侧的，活动度比较好，做彩超提示是囊性的。边界清晰，表面光滑，而且常常没有腹腔积液。恶性的卵巢肿瘤，多为双侧，而且活动度比较差。
