首先进行彩超检查，了解伤口下有无积液、有无无效腔、有无脓肿形成。其次局部进行物理治疗，主要是采用红蓝光照射，热敷患处，可以促进局部血液循环，达到伤口愈合的目的。之后伤口局部可以使用1%的碘附纱布外敷，或者使用75%的酒精纱布外敷，达到治疗红肿的目的。最后如果伤口有感染同时发红，应进行脓液培养，选择合适的抗生素是治疗的关键。
术后应消炎的，可以中药熏洗的，熏洗受药物熏蒸面积大，时间长，药物容易发挥光谱性抗菌，消炎，清热解毒等康复，会有轻微疼痛和不同程度的水肿，但会随着伤口的逐渐恢复水肿也慢慢消除的。避免长时间站立，大便通畅，保持肛周整洁。
首先需要对感染发炎处进行局部的清创处理，使用碘伏的进行消毒处理，同时局部外用一些抗炎的药膏进行内外接应，通常同时口服用一些抗炎药抗菌的药物等进行调理，这样能够利于炎症的恢复和好转的。
在动手术的时候，因为有麻醉的药物，所以不会感觉到疼痛感，但是在手术之后就会出现伤口的情况，可以用止疼泵来止疼。不过在手术之后出现伤口疼痛的情况也是非常正常的，所以在这个时候不用太过担心，因为过一段时间之后就会慢慢的好转。
可以服用抗生素抗感染治疗，然后局部涂抹乳膏，每次排便后用温水清洗肛门，保持肛周的局部清洁，但是如果肛瘘反复发作，瘘口比较多，形成了复杂性肛瘘，使用保守的治疗方法效果不好，要选择手术治疗，主要是手术切开引流。
术后伤口化脓感染，要做伤口周围的局部清洗，要勤换药，另外，可注射抗生素进行治疗，平时要注意局部卫生，少吃辛辣刺激性食物，避免尿液加重伤口感染，积极治疗，很快就会康复的。
