当患者在早晨醒来时发现尿液中含有很多结晶颗粒，就说明结石已经进入了体内。也许会跟随起床后某项动作，特别是体位改变，从平卧至坐起至站立体位改变，会使结石在肾脏内运动移位。此时结石与肾盂黏膜摩擦损伤接触，此种情况可导致出血和血尿的发生。还有一种情况就是出现急性尿路感染。还可导致腰痛，这类腰痛通常都不太厉害，可表现为一过性短时间发作胀痛、钝痛或酸疼。
在平时要注意观察身体上有没有结石。若平时均发作，影响起居，结石较多，可采用体外碎石或微创手术等方法。
早上起来腰疼的原因如下：
1、瘀血腰痛，表现是一种类似于针刺的感觉，疼的位置是固定的，随着时间的推移，疼的程度会越来越厉害。症状较轻的患者会出现坐下、躺下不方便等症状，严重的患者可能会出现翻身困难。
2、睡眠姿势欠佳、床铺过于柔软、枕头过高或过矮，长时间卧床等原因可能会导致患者出现早上起来腰疼的情况。
早上起来干呕一般可以进行饮食调理、日常护理。
早晨醒来会出现干呕的情况，主要是由于胃中的东西已经排出，胃中的空虚和胃酸的刺激，会出现恶心、呕吐等情况。可以多吃一些温水，也可以用来冲淡胃液。有一定的治疗作用。如果有慢性胃炎、胃溃疡等消化系统的疾病，可以服用一些胃粘膜保护药来改善，例如硫酸铝。如果经常有这样的情况，可以到医院做一下胃镜，确定原因后再进行针对性的处理。
早晨起床后肾疼可能是因为有肾结石引起的，也有可能是肾脏有炎症引起的疼痛，所以才能在热敷之后得到缓解，但是后腰部疼痛也不一定完全是肾疼，也有可能是腰肌劳损导致的腰部疼痛，热敷也可以缓解，去做一个详细检查确诊。
早上起来反胃的原因如下：
早上起来胃肠道敏感可能会导致出现早上起来反胃的情况，日常生活中，患者应注意多休息，避免过度劳累，保持心态平和，不要有太大的精神压力，还要注意个人饮食健康，以清淡和易消化的食物为主，忌辛辣刺激及油炸的食物，多吃新鲜的蔬菜和水果，注意多休息，避免过度劳累，保持心态平和，睡前喝一杯牛奶，有利于身体健康。
通常来说，早上起来总是干呕可以通过使用药物进行治疗。
早上起来总是干呕可能与慢性咽炎有关，建议每日清晨用清水漱口，或者按医嘱使用清喉利咽冲剂，在炎症的高发时期，可以口服阿莫西林、头孢克肟等抗炎药物；如果是胃病导致的，例如胃食管反流病、慢性胃炎等，可能会导致胃肠不适，出现呕吐的情况，可以口服雷贝拉唑肠溶胶囊、摩罗丹等药物，并及时到正规的胃镜检查，确定病因。