胃肠道间质瘤需要手术治疗，要求R0切除，术后还要进行辅助化疗、一系列的治疗，胃肠道间质瘤术后有复发率，常规胃肠道间质瘤的复发率很高，一般在40%-90%，原发病灶比较孤立或者小的病灶，复发率是35%。
胃肠道间质瘤不是癌症，胃肠道间质瘤的来源认为是从基层里面的一种特殊的细胞，可以把胃肠道分成四层，最里面的一层来源实际上就是癌，而胃肠道间质瘤来源实际上是第三层。
胃肠道间质瘤是起源于胃肠道间叶组织的软组织肿瘤，它的转移途径与肉瘤相似，主要就是血行转移。胃肠间质瘤肝转移机制目前还不明确，可能因其富含血管，容易侵入门静脉系统导致肝转移。肝转移发生率大概在15.9%，肝脏转移瘤的诊断主要依据CD117的表达，DOG1弥漫阳性表达以及CD34过度表达。
胃间质瘤即是一种发生于消化道的少见的肿瘤，它属于间叶肿瘤的一种。只要身体条件允许，没有转移，应首选手术，手术后完全可以康复的。以后重在预防复发，不使用致癌物质，像腌制的东西油炸的尤其，像花生，腐烂的水果等，多吃新鲜的果蔬。
分期为极低危险度或低危险度的胃肠道间质瘤患者，术后复发或转移的风险较低，一般不需要进行术后的。辅助化疗。部分为中危险度或高危险度的患者，需接受术后的辅助化疗，应口服药物2—3年。坚持术后随访，定期复查。
胃肠道间质瘤术后是需要吃药的，因为术后也是会有一定转移的复发几率，为了把转移和复发率降到最低，所以术后需要用药，中度风险的患者吃药的时间在一年左右，如果是高度复发风险的病人可以吃三年以上。