分期为极低危险度或低危险度的胃肠道间质瘤患者，术后复发或转移的风险较低，一般不需要进行术后的。辅助化疗。部分为中危险度或高危险度的患者，需接受术后的辅助化疗，应口服药物2—3年。坚持术后随访，定期复查。
不管多大的胃肠间质瘤都需要切除，应为患有胃肠间质瘤很容易发展为恶性肿瘤，越早进行手术治疗，对病号的肿瘤病变部位进行切除，越能够有效的快速控制患者的肿瘤病情。
及早进行手术治疗，手术切除后做病理检查，以确定诊断后，再考虑下一步的治疗方案。如果伴有核分裂像则属于低度恶性肿瘤，但无论良恶性肿瘤均易复发，所以需要定期复查。
间质瘤一般都是良性的，可以先观察，可以再过两三个月再查查胃镜或者增强ct，看看有没有什么变化，间质瘤是一种良性肿瘤，是不严重的，只不过极少数的间质瘤生长比较快，可能会压迫局部的器官或者组织，引起其他的症状，而出现疾病。
如果是良性的，手术以后就能治愈，不会影响正常的寿命。如果是恶性的，大多都容易复发，不能切除者生存期大约在9~12个月左右，原发灶切除彻底无转移病灶者最长可存活5年左右。