一般比较早期的囊肿在其比较小的时候，可以通过局部制动、按摩的方法消除。当囊肿逐渐长大后可以先尝试用力按压挤破囊肿，可也以暂时消除，但是一般容易复发。如果囊肿生长部位不影响患者生活，也可以不做处理。
消除囊肿最快的方法是手法治疗，通过挤压或捶击，使腱鞘囊肿破裂，逐渐自行吸收，但是治疗后很容易复发和感染到患处，与关节腔相通的囊肿不容易破裂，囊肿也要很多种性质，有的是肿瘤性质的，有的可能是炎性囊肿。不同的囊肿需要不同的治疗办法，若不是肿瘤性质的，就问题不大。
囊肿是可以出现了多个器官的，可以选择彩超看一下判断具体的位置，有可能出现卵巢功能或者盆腔囊肿等，需要看看囊肿大小等，如果出现了疼痛等，可以选择手术治疗，治疗期间不要有剧烈活动，预防感染，注意保暖，预防感冒，注意休息。
进行抗感染治疗，如果明确是感染所引起的，可以用抗生素进行治疗，如果在观察期间及时复查，可以看到囊肿急速的增大，并且引起明显的临床症状，影响了日常生活，需要考虑手术的方式。
可以考虑手术治疗。手术方法以显微镜下切除囊肿壁，严密缝合囊肿，以蛛网膜下腔的通道为主要治疗策略。对无症状者以及MRI显示囊肿和临床症状不明显者，一般不需要处理，可先行观察。
