可以考虑手术治疗。手术方法以显微镜下切除囊肿壁，严密缝合囊肿，以蛛网膜下腔的通道为主要治疗策略。对无症状者以及MRI显示囊肿和临床症状不明显者，一般不需要处理，可先行观察。
妇女孕中、晚期查彩超时，胎儿颅内囊肿明显，此时应考虑羊水穿刺以进一步诊断囊肿性质。
若是真的羊水穿刺不正常，同时考虑到胎儿畸形的话，那么就要尽早引产来终止妊娠了，毕竟胎儿畸形生产分娩之后痊愈的可能性相对较小，并且费用也是特别大的。如胎儿颅内囊肿相对较小，羊水穿刺正常，则可考虑继续怀孕，同时追踪复查彩超观察囊肿大小改变。
一般情况下，脑内囊肿的原因有脑脊液在局部潴留、蓄积以及继发囊等，具体分析如下：
原发性脑内囊肿常见的是蛛网膜囊肿，是因为在先天发育的过程中，脑脊液在局部潴留、蓄积导致囊肿。一些继发囊肿，如肿瘤继发往往是肿瘤结节，自身带有一定的分泌性，可能会分泌液体出来，逐渐被包裹以后，随着分泌液体逐渐增多而出现囊肿逐渐扩大。
在日常生活中，患者应以清淡饮食为主，注意防寒保暖，避免感冒，早睡早起，可以促进身体恢复。
这个部位的囊肿主要会出现腰骶部疼痛，在早期囊肿比较小，也有可能是没有症状，一般药物只能是缓解，但是完全根据这个要到医院通过手术，尤其是输卵管的检查，如果有输卵管慢性炎症或是粘连堵塞等问题，要及时进行治疗，避免再次发生宫外孕。
颅内囊肿如果是继发性的，脑囊肿一般指蛛网膜囊肿、皮样囊肿和上皮样囊肿。均属良性病变，也可有头疼等症状。一般药物只能对症治疗，不能消除囊肿。可定期复查对比。囊肿较大或症状较重时可手术切除。要看如果比较小，可以观察，囊肿大有压迫症状所以经常有头痛，头晕，癫痫等，是会影响学习和生活的。如果不及时治疗，会严重影响生活。比如出现颅内压增高，头痛，恶心、呕吐，会引起癫痫等，或者可能出现脑积水等。如果有明显症状和占位较大的话，需要手术治疗。
