西医上治疗现在没有太好的办法，中医在治疗溃疡性结肠炎的时候效果较好。可以减慢发作的次数，对症状可以起到基本的消除。如果是其它的直肠炎，通过积极治疗是可以。避免吃辛辣食物。
慢性直肠炎会出现粘液便，这些粘液多为肠道粘液。
需先治慢性直肠炎。只有先治慢性直肠炎才能使粘液便好转。其疗法一是可在短期内应用抗生素以调整肠道功能，二是在膳食中要求营养高，脂肪少，容易消化，可适当吃一些健脾养胃之品，例如：山药。也可采用高压氧，如直肠粘膜水肿时，可采用生理盐水灌肠，每天需适量休息，应忌食辛辣刺激食品，宜清淡饮食，适当吃少渣食品。
一般情况下，慢性直肠炎可以用使用药物治疗或者手术治疗。具体分析如下：
通常来讲，慢性直肠炎的治疗上，可以选择直肠给药，可以局部使用美沙拉嗪联合糖皮质激素保留灌肠法。在药物选择上，可以使用复方谷氨酰胺肠溶胶囊、匹维溴铵等药物来治疗，防止细菌或病毒对肠黏膜造成的损坏，还可以缓解肠痉挛。此外，治疗期间，患者需要清淡饮食为主，避免高纤维、辛辣的食物的摄入，不要焦虑、紧张，避免植物神经功能紊乱。需注意的是，所有药物要在医生指导下服用。
一般情况下，引起慢性直肠炎的病因有很多，应在辩证的基础上，明确病因，根据病因，对症治疗。
口服药物有时候是中成药，有时候是中草药熬制成汤剂，中成药用的比较多的是肠炎宁，归脾丸，补充益气丸等。中草药一般是具有清热解毒，消肿散结，消炎止疼的功效，临床上比如黄连，黄芪，党参，蒲公英，五倍子等。也可以用以上中药煎汤灌肠治疗。取足三里、上巨虚、天枢穴、合谷穴等穴位。
一般情况下，建议胃疼患者吃些碱性食品或者稀软的食物，例如小苏打饼干、小米粥等都可以起到缓冲胃酸刺激的作用。
这时最好食用一些柔软易消化的食物，如小苏打饼干，小米粥，面条等，简单的碳水化合物，不会加重胃肠的负担。胃痛的患者，可以根据自身实际情况的需要，来选择食用哪些食物。患者需要及时前往医院就诊，明确病因后对症治疗，以免延误病情的诊治。
慢性直肠炎不治疗，很少能自己好转。慢性直肠炎以血便，排便不畅，腹痛为主要症状，可以使用抗生素及调节肠道功能的药物，平时给予低脂，易消化，少渣易消化饮食。做到心情愉快，营养丰富，劳逸结合。