首选的治疗方法就是使用无乳糖配方的奶粉也就是腹泻奶粉等这个孩子腹泻症状缓解以后，慢慢的转化为普通奶粉。当然，如果孩子腹泻的症状比较轻，并且不吃奶粉，只能给孩子吃母乳了，在吃母乳的同时，需要添加乳糖酶的。尽可能多给孩子吃一些不含乳糖的配方奶、豆制品、谷类、麦类的食物。
想检测婴儿是否存在乳糖不耐受，可以通过检测孩子的大便，可以考虑有乳糖不耐受的情况，乳糖不耐受是由于体内缺乏乳糖酶，所以乳糖不能够被正常的消化吸收，就会出现肠鸣腹痛、腹泻、不舒服等症状，长期下去不利于宝宝的生长发育。
母乳和奶制品中都含有双糖乳糖，经过小肠绒毛乳糖酶的消化，到达肠道分解为葡萄糖和半乳糖，葡萄糖主要为大脑提供营养，半乳糖主要提供给脑细胞的神经介质，如果乳糖酶相对不足或者缺乏，则乳糖就消化不掉，就会出现腹痛，腹胀以及腹泻的表现。
乳糖不耐症是因为人体消化道内乳糖酶分泌减少或者乳糖酶活性不足，所以当进食哺乳动物的乳汁，如母乳或者牛乳后会出现对于母乳或者牛乳中的乳糖不能完全消化、分解，引起相关的消化道临床症状表现。
乳糖不耐受的患儿如果大便次数不多且不影响生长发育，无需特殊治疗。若腹泻次数多，体重增加缓慢则需饮食调整。如果急性期伴脱水时则应首先静脉或口服补充液体以纠正脱水。可先用无乳糖配方乳包括以牛乳为基础或以大豆为基础的无乳糖配方乳，待腹泻停止后再根据患儿的耐受情况，逐渐增加母乳喂哺次数，改用母乳和无乳糖配方乳混合喂养。
乳糖不耐受症分为先天性乳糖不耐受症和继发性乳糖不耐受。先天性乳糖不耐受较少见，这类出生后就对乳糖不耐受，容易出现腹泻、腹胀、呕吐等乳糖不消化的表现，这情况应该给补充乳糖酶，或者吃无乳糖奶粉。
