肛瘘的主要症状是局部流脓，湿痒及疼痛。初期流脓较多，色黄而稠，粪臭味重。久之，脓液逐渐减少，时有时无，稀淡如水，如果过于疲劳，则脓液增多，可有粪便流出。有时瘘管外口可暂时封闭，但不久病人又会出现发烧、局部肿痛，封闭的外口可再度穿破，待脓液流出后症状才逐渐消失。
肛瘘不会自愈，必须手术进行。如果是复杂性的需要分步解决，一步到位有可能造成“后遗症”，需要再次到正规医院肛肠科做进一步检查和手术处理，平时注意少吃辛辣刺激性的食物，还要注意局部卫生。
肛瘘最主要的治疗办法是选择手术，需要在麻醉支持之下进行，手术治疗过程中没有疼痛的感觉，但是，在麻醉作用消失之后，就是痛觉恢复之后，病人也会感觉到肛周疼痛。
术后会感觉到肛周疼痛。因为肛周皮肤是齿状线下方，属于体神经支配的区域，对疼痛刺激敏感，通常是可以忍受的。可以选择应用温盐水坐浴的办法，能够缓解疼痛，手术以后也应该积极进行静脉抗感染治疗。
做肛瘘手术已经1个多月了，挂线不掉，要回去复查，伤口没有完全愈合，要按时回医院换药，每间隔几天，要调整、收紧挂的线，才能尽快达到组织坏死的目的，要不然时间长线就松了，起不到作用。建议回医院复诊。每天温水坐浴半小时，促进局部组织修复。
肛瘘手术后的创面一般是敞开的，术后需要换药，保持引流通畅，术后疼痛主要与手术的方式，创面的大小等有关，大部分术后一周左右会疼痛，以后随着创面的愈合，疼痛会逐渐减轻。术后每日熏洗坐浴，保持肛周清洁，减少大便对创面的污染。
