男性生殖道感染以尿道黏膜红、肿、痒和轻度刺痛最为典型。
严重者会有尿道口脓液流出，伴有排尿不舒服，或者阴茎增大、尿频、尿急、尿痛甚至血尿等症状。会出现腹股沟淋巴结增大，尿道口会出现稀薄分泌物排出，并且出现炎症加剧，可能会导致急性睾丸炎，附睾炎，前列腺炎和精囊炎。
肺部感染的情况有发烧，咳嗽咳痰等症状，如果肺部感染的情况比较严重，还有的患者可能会出现呼吸困难胸痛的症状。肺部感染的症状，表现并不是典型的，如果年龄比较大的人患有肺炎不仅会表现为基础疾病，还可能会加重病情，比如出现精神变差，呼吸急促等。一旦出现这种症状，应该及时到医院进行检查，查明病因以后再针对性治疗。
梅毒感染会根据具体分期出现不同的症状。
梅毒感染一般分为一期梅毒、二期梅毒以及三期梅毒。若是一期梅毒，患者常会出现硬下疳；若为二期梅毒，患者常会出现梅毒疹，多会伴随有脱发、乏力等多种症状；若是三期梅毒，损害更加广泛，可能会侵犯身体脏器，造成功能损害。
出现该病通常及时就医，避免病情拖延，导致症状加重。
肺感染会有喘息和气急的症状，患者出现肺感染以后，会让患者出现并发性的喘息性支气管痉挛，因此患者会出现气急和喘息的症状，疾病如果反复发作，而感染持续加重，还会让患者出现阻塞性肺气肿的症状，患者会发生不同程度的气急，严重的时候还会让患者生活不能自理。另外患者还会出现咳痰的症状，是由于夜间患者睡眠以后，管腔内会有蓄积的痰液。
尿道炎症主要表现为排尿异常：尿频、尿急、尿痛、尿失禁、尿潴留等。
如果诱发慢性肾盂肾炎，其所致的慢性肾脏病，初期可表现为多尿，晚期可表现为多尿或少尿。此外，患者还可表现为尿液不正常，尿道炎症会导致尿液出现不正常的变化，如细菌尿、脓尿、血尿、气尿等。有少部分患者可能会出现腰痛，腰痛是临床上最普遍的表现，腰痛主要由肾、肾周边病变引起。
衣原体在不同部位侵染，诱发不同疾病，例如衣原体肺炎、沙眼衣原体、鹦鹉热等，继而出现不同的病症。
肺炎衣原体感染起病时有明显发热，还有全身不适、咽痛及声音嘶哑等不适症状。沙眼衣原体感染可能会引发结膜炎、眼部有分泌物、充血等不适症状。鹦鹉热常表现出非典型性的肺炎，出现高热、寒战、咳嗽等不适症状。