胃间质瘤良恶性鉴别根据低度恶性，如直径为几毫米的胃间质瘤，通常判断为低度恶性或趋于良性，此类肿瘤往往只需定期检查；还有中度恶性：若肿瘤直径达到2-3cm，则判断为中度恶性，此时需通过手术进行治疗。其次是高度恶性：若肿瘤达到5cm以上，则为高度恶性，需及时进行手术治疗，以防危及生命。
超声胃镜和普通胃镜的区别如下：
超声胃镜前端有超声装置，而普通胃镜则没有安装，超声胃镜还可检查一些普通胃镜检查不出的病因，比如胃黏膜病变的原因，超声胃镜可以避免胃肠道的干扰。超声检查还可以观察到肉眼看不见的位置，检查范围较为广泛，一般普通胃镜是检查不出正在病变或是病变因子，但是超声胃镜则能很好的观察到这一方面的问题。
胃间质瘤不属于癌症，而属于肉瘤，并且具有潜在恶性。胃间质瘤的恶性程度，需要依据肿瘤的大小和病理组织进行判定。胃间质瘤的恶性程度可以决定其治疗方式，主要以手术和术后辅助治疗为主。
胃间质瘤是发生于胃，起源于间叶组织，是属于非上皮组织而且恶性程度比较低的肿瘤。但胃间质瘤不同于常见的胃癌，胃癌是起源于胃的黏膜层，起源于胃的叫间叶组织肿瘤，跟胃癌来比是胃上常见的肿瘤，若发展成恶性肿瘤就是胃癌。间质瘤跟胃癌相比是起源不一样，还有是间质瘤少见发生率比较罕见，是少见的胃的恶性肿瘤。间质瘤是交界性肿瘤，可分为低度恶性和高度恶性。
不是癌症，属于恶性肿瘤。确诊为胃间质瘤，一定要到正规的医院去进行手术切除肿瘤，如果不及时进行手术治疗是很有癌变的可能。如果手术治疗的效果不是特别好，可以进行放疗治疗。
胃镜下胃间质瘤切除方法有ESD剥离术，隧道法和全层切除法是剥离术主要的方法，隧道法就是在胃黏膜下打隧道，找到病变挖除，然后把隧道口封闭，ESD挖除法指将黏膜表面剖开，把病变直接挖除。
