肾囊肿手术就是把肾囊肿的顶去掉，相当于把锅的锅盖揭掉一样，尽量不让里面的囊液对肾脏的实质形成压迫，减少对肾脏的损害。肾囊肿一般有急性感染的全身表现，如高热、寒战等，一侧肾区剧痛，肌肉紧张，脊肋角有明显叩击痛。血白细胞增多，尿中有白细胞，细菌培养阳性。IVU示肾盂肾盏受压或充盈缺损。B超示肾区液性暗区以及可导致肾积脓的原发病变。
肾囊肿没有明显的特效药。发现肾囊肿要看囊肿的大小，对于小囊肿没有症状时不需要做任何治疗，定期复查看，特别是小于4厘米以上的，观察囊肿是否继续增大，无症状者要经常做尿液的检查和泌尿系统超声检查。对于大于5公分肾囊肿，采取手术治疗。
肾囊肿较小时，一般对肾脏没有危害，较大的肾囊肿可能会压迫肾集合系统导致引流不畅，从而产生肾积水或结石，有的囊肿会引起肾素分泌增多从而导致血压增高，巨大肾囊肿可能会压迫临近器官和组织，从而导致相应症状和损害，囊肿还有可能继发感染，巨大肾囊肿在受到外伤时可能破裂，导致出血休克等。
果单纯性肾囊肿直径大于六厘米以上，或产生了压迫症状，可以通过肾囊肿去顶减压术来得到治愈，但是不能保证肾囊肿不再复发。然而如果是遗传性肾囊肿，通常表现为多囊肾合并多囊肝，目前来说没有办法治愈，仅在多囊肾囊肿较大时，可以通过去顶减压手术来得到缓解。
肾囊肿是需要进行手术治疗的，如果单纯的肾囊肿没有发现任何病症，也没有任何长大的迹象是不需要做任何处理的。出现病症是需要积极的治疗，密切观察胜囊肿的变化情况。如果生长迅速的时候需要采取手术治疗，避免压迫肾脏引起的功能变化。根据病情确定治疗的方案。
