新生儿甲状腺功能异常，应采用以下方法处理：
1、首先，应用甲状腺激素补充疗法。新生儿甲状腺功能异常包括新生儿甲状腺功能减退和甲状腺功能亢进。最常见的是新生儿甲状腺功能减退症，儿童患有甲状腺功能减退症时，会引起体内新陈代谢率过慢，出现粘液性水肿、心率减慢，影响儿童智力，应及时补充甲状腺激素片。
2、其次是抑制甲状腺的作用，甲状腺功能亢进的话，眼睛会飞出，心率会加快，所以要积极地抑制甲状腺的作用。
如果患者甲状腺术后出现咳嗽症状，需要完善血常规、C反应蛋白、降钙素原、病毒抗体、支原体抗体、痰培养、胸片等检测，以评估病原和病原菌不同的病原菌，将采取不同的抗感染治疗措施。
如患者感染细菌，需采用头孢菌素等相关抗生素治疗。患者感染病毒，需口服清热解毒药物，如清开灵、蒲地蓝，必要时口服抗病毒药物，如奥司他大楼、扎那米韦等。患者由不典型病原菌引起时，需使用阿奇霉素、红霉素、左氧氟沙星、莫西沙星等大环内酯类抗生素。
孕期甲状腺功能异常需要及时进行治疗。
孕妇在孕期出现孕期甲状腺功能异常需要及时到医院进行诊断治疗，因为孕妇的孕期甲状腺功能异常容易造成胎儿的发育出现异常，比如智力低下、胎儿畸形等。所以孕妇在确诊甲状腺功能异常后，一定要积极在医生的指导下进行治疗。孕妇在怀孕期间需要定期进行产检、明确自身和胎儿的情况，如果出现异常需及时进行治疗。
通常来说，甲状腺异常应该立即检查，然后在医生的指导下对症治疗，具体分析如下：
甲状腺构造出现异常一般通过甲状腺超声检查主要表现出来，甲状腺B超出现异常应按时检查和观查变化规律。如果是甲状腺功能减退，就要补给外源甲状腺素；如果是甲状腺功能亢进，就必须抗甲状腺功能亢进口服药、放射性核素或手术等方式进行治疗。
所谓甲状腺功能若有异常，考虑了两种情况，第一，甲状腺功能减退，或甲状腺功能亢进等，即甲亢与甲减2种，一旦发生上述情况两方面，首先，要针对病人的疾病对症下药，通常采用抗甲状腺药或补充甲状腺激素治疗。
此外，可以针对其实际情况选择碘131放射治疗、手术治疗等，具体的治疗方式主要是与患者的具体情况有关，建议患者积极配合医生治疗。
如果在孕期出现了甲状腺异常情况，那么还是需要引起重视的，如果不积极治疗，那么有可能会对胎儿造成一定的伤害，需要及时到医院去进行检查，然后医生会选择进行治疗的方法。千万不要自己盲目的用药，以免会对胎儿造成伤害。
