根据个人体质不同，时间自然也不一样。巧克力囊肿术后一般一个月就可以恢复。恢复的时间长短，和手术后的保养也有很大关系，所以术后要多休息，在恢复期间，定期到医院复查看恢复情况。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
做微创手术，先把巧克力囊肿给弄掉，然后再按照正常情况去备孕，如果是备孕半年都失败，可以考虑试管婴儿。巧克力囊肿通常来说也就是和内膜异位症有很大的关联，内膜异位症会影响到怀孕的。
巧克力囊肿是子宫内膜异位引起的一种良性病变，是发生在卵巢上的隶属于子宫内膜异位症的一种。此病的特点是，手术复发率高。目前治疗相对比较好的是中医保守治疗。此病以继发性加重的痛经、不孕为主要表现特征。此病目前在妇科病症中的发病率占道了30%左右。
巧克力囊肿的治疗，如果有生育要求，建议进行手术治疗，采用手术治疗是比较好的治疗方法，尤其对于囊肿较大的。也可以辅助保守治疗，保守治疗一般是指使用药物进行治疗，要及时医院进行治疗。
巧克力囊肿不治会导致月经异常，月经稀少或闭经，有些病患表现月经淋漓不断；其次会影响少女形象，会出现多毛、肥胖、座疮等症状；并且还会导致不孕，多囊卵巢往往有持续性无排卵，不能自然怀孕，是女性不孕症的主要原因；最后是女性如果妊娠，妊娠高血压综合征和妊娠糖尿病的风险明显增加。
