试管婴儿的宝宝会比自然怀孕的宝宝并发症多一些，体重会比较偏轻。但是这些相比于不能怀孕来说都是次要的了。试管婴儿是不孕不育夫妻要宝宝一个很好的途径。另外，是严重的少精子症适合做第二代试管婴儿的，但是要先好好的提高精子质量，可以吃精活素，很多人是做试管婴儿之前吃这个来增加成功率的。
自然怀孕比试管婴儿好，具体分析如下：
如果是自然受孕，说明卵巢功能正常，输卵管正常。子宫内膜正常，受精卵就可以着床，这对着床以后的胎儿生长有很大的帮助。试管受精是在体外受精，通过检测子宫内膜和病人体内的荷尔蒙水平，判断出排卵的时间，然后进行移植，而胚胎着床的时候，并不是最合适的时机，而且结合点很难找到，失败的几率也很大。
试管婴儿技术发生出生缺陷的情况，在统计学上与自然妊娠后生产的孩子没有显著差别。但因试管婴儿有时为多胎，所以婴儿体重统计学数据较正常婴儿低。统计学结果显示，正常出生婴儿也有体重偏低情况。因选择试管婴儿技术的多是不孕不育者，引起不孕不育的疾病本身可能也是造成婴儿体重偏低的原因。
试管婴儿和正常怀孕一样，在3个月后形成胎盘，胎儿发育相对稳定。在怀孕3个月前，由于胎盘没有形成，和子宫壁的连接欠稳固，剧烈运动或者过度的性生活刺激等容易引起流产。
试管婴儿与自然怀孕生育的孩子没有明显差别。体外受精-胚胎移植助孕技术除了精子和卵子在体外混合受精，形成胚胎，医生再把胚胎移植到女方体内，使其生长发育，达到助孕的目的外，与自然怀孕的过程没有不同。
试管婴儿怀孕后和正常怀孕的区别如下：
试管婴儿胚胎移植是按照自然怀孕胚胎进入子宫的周期进行，但是流产率比自然怀孕的流产率偏高。进行试管婴儿的女性年龄普遍偏大，而年龄偏大的女性染色体畸形率高于年轻人，导致流产的主要因素是染色体异常的情况。不孕不育疾病做试管婴儿的夫妻可能会患有一些不孕不育的疾病，如子宫肌瘤、子宫内膜异位症、盆腔炎、原发不孕、高龄孕妇等情况。
