宝宝囟门凹陷可能是脱水、营养不良、遗传代谢性疾病等原因导致的，具体分析如下：
宝宝囟门凹陷可能是由于宝宝出现高烧、肺炎等，会造成呼吸和心跳加速，从而造成不明显的脱水；小儿尿量减少，囟门凹陷，严重时可导致电解质和酸碱平衡失调。其次为因营养不足导致的皮下脂肪减少、囟门凹陷、体重减轻等症状。还有可能是遗传代谢性疾病导致的，主要表现为囟门凹陷以及过早闭合、头围小等。
宝宝囟门小是颅骨结合不紧所形成的颅骨间隙。囟门是宝宝体检中的常规项目，但是单独去看待囟门大小或者闭合时间意义不大。囟门大小需要根据月龄、尤其头围发育情况判断其意义。如果头围发育正常，即符合同龄同性别儿童的数值范围。
一般情况下，宝宝囟门闭合时间是什么时候，需要根据实际情况来判断。具体分析如下：
宝宝囟门闭合时间很关键。囟门分为前后突和后突，通常在宝宝都比较小，有些会关闭。大部分宝宝不会关闭，在6到8个星期后。前囟门会在一年或一年内完全关闭，最晚2年。儿童有化脓性脑膜炎等病症，在头部压力较大的时候，囟门会鼓起来，张力会比较紧张、饱满。前囟门凹陷是由于缺水所致。
一般情况下，宝宝出生时颅骨缝是分离的，宝宝囟门3-4个月时闭合。前囟由额骨和顶骨的骨缝构成，会随着颅骨的发育而增大，6个月后逐渐骨化而变小，约在12-18个月时闭合；后囟门，在出生时已经很小或者已闭合，最迟于生后8到12周闭合。
另外，囟门早闭或者过小，都属于异常情况，建议及时前往医院进行检查，明确病因后对症处理。
新生婴儿生活中通常囟门是平坦的，竖着抱起时因体位变化有囟门略凹陷的情况。
宝宝在生活中如果有腹泻，或者发烧的症状，容易导致脱水，也会有囟门凹陷的情况。若宝宝在此期间有异常哭闹、睡不实、精神萎靡、容易惊醒、食欲低下的情况，可能是疾病导致的。建议要及时到医院挂号就诊，查明病因，根据医生指导配合治疗。期间宝宝要注意保暖，避免着凉，能有效避免症状加重。
不正常的宝宝囟门如果在6个月之前闭合，说明孩子可能小头畸形或脑发育不全，在18个月后仍未闭合就属于太晚了，这样的孩子可能有脑积水，佝偻病和呆小病;囟门的隆起表示颅内压增高，这种孩子可能得了脑膜炎，脑炎和维生素A中毒。
