乳腺囊肿与乳腺增生大的不同是，乳腺囊肿形成的肿块大多呈圆形或卵圆形，边界清晰，可自由动推动，有明显的囊性感，其中含有无色、或淡黄色的液体。乳房胀痛感与月经周期关系不大。而乳腺增生形成的肿块大小不一，可呈片状、结节状、条索状等，其中以片状为多见，与周围乳腺组织边界不明显，质地中等或稍硬。乳房的胀痛在月经来潮前显著，月经后减轻或消失。
是一个非常常见的良性病变，主要是进行药物治疗，对于严重的也需要考虑手术治疗，避免进一步发生病变的可能，平时要注意保持心情舒畅，饮食主要是避免吃含激素多的食物。注意保持乐观的心态，佩戴合适的胸罩，以免过紧影响局部血液循环。
如果是出现了乳腺的增生性囊肿，一般考虑是乳腺纤维瘤的问题，这多数是良性病变，所以不要过于紧张，一般是可以通过药物治疗来改善的。如果是症状严重也是可以考虑进行手术治疗的，平时控制情绪，减轻压力，不熬夜，生活作息规律，多吃蔬菜水果，少吃豆制食品，定期复查。
乳腺增生囊肿一般不会恶变。可以在指导下结合临床症状对症治疗，可以配合活血化瘀药物治疗等药物进行治疗。平时穿宽松的内衣，不要穿紧身衣，免得影响乳房，血液循环畅通，囊肿必要时可以手术切除。
两者存在实质上的区别。乳腺增生主要是乳腺结构紊乱，乳腺囊肿说明体内肿块呈囊样增生。乳腺囊肿一般会手术切除，而乳腺增生可以保守药物治疗，物理治疗都是可以控制病情的进一步发展。
多数乳腺囊肿无需手术治疗，临床以随诊观察为主。需行切除时，应注意完整切除乳腺囊肿。如为恶性病变，应按照乳腺癌原则治疗。乳腺单纯囊肿可有自限性，经过3年或更长时间后病变可以停止，但有时亦可继续发展，最终导致癌变，但几率很小。
