慢性肾炎的治疗主要是应当以防治或者延缓肾功能进行性恶化、改善和缓解患者的临床症状以及防治一些严重的并发症为主要治疗的目标，而不是以消除患者尿中蛋白、红细胞为主要目标。
慢性肾炎分为四期。第一期为肾功能储备代偿期，肌酐升高，但不出现症状，容易治疗。第二期为肾功能不全期，这时肾小球已经有较多损害，肾脏排泄废物已有障碍，表现为疲乏无力，体重减轻，血压不稳定。第三期为肾功能衰竭期，这时肾功能损害已经严重，应及时治疗。第四期为尿毒症终末期，此时患者只能采用透析治疗或肾移植。
不同阶段慢性肾炎临床治疗效果不尽相同；在慢性肾炎早期，并发症少，治疗后可痊愈；慢性肾炎晚期并发症增多，肾功能损坏，治疗后不能够达到临床痊愈，但可通过积极治疗，控制病情。
慢性肾炎的肾小球治疗主要是抗感染治疗，有些还可以使用糖皮质激素进行治疗。应注意定期复查以监测肾功能的变化。一些病人可能患有肾功能损害。保持局部清洁卫生，避免上行感染，注意多喝水，多排尿，有利于疾病的恢复，饮食清淡。适当运动，按时休息，不要熬夜。
治疗原则主要包括以下几个方面：积极控制高血压，防止肾功能减退，预防心血管合并症。改善远期预后，可根据患者具体情况，选择ACEI或ARB一类具有降低尿蛋白作用的降压药物，控制蛋白质的摄入，避免感染、脱水、劳累、服用肾毒性药物，各种治疗需在专科医生的指导下进行。
慢性肾炎引起高血压首先要有效控制血压，另一方面要积极治疗或延缓肾损害生。高血压和肾炎同时出现中医认为主要调理肝肾二脏，可以选择“肝肾阴虚型肾炎治疗中成药”。
