先要对病因做相应分析，病因包括先天性因素，也有后天性因素。后天性因素还包括原发性疾病，即无法找到原因的情况，部分属继发性问题，比如继发于红斑狼疮或者继发于其它疾病，治疗均不相同。
小儿肾病综合征主要是应用具有补脾益肾、消肿利尿的中药药物进行治疗。
常用的中草药包括车前子、白芍、附子、白术、茯苓、泽泻、黄芪以及薏苡仁等。比较常用的中成药包括六味地黄丸或者肾气丸等。应用上述药物帮助肾病综合征患儿改善低蛋白血症、高蛋白尿以及水肿等不适症状。但用药应谨遵医嘱，不能擅自用药，以免引起身体不适。
肾病综合征蛋白漏出体内，中医的观点就是可能存在体内的阳气不足以及外邪的入侵，导致对水谷精微物质的收摄能力下降。另外这类病人还会有湿热的表现，用清热祛湿的药物，比如薏米、黄连、黄柏、黄芪一类的。
肾病综合征因利尿过程中使用排钾利尿剂使钾排出过多，胃肠道黏膜水肿等导致钾吸收减少，患者容易出现低钾血症。对于血钾下降不是很明显的患者可以给予口服枸橼酸钾颗粒（果味钾），或氯化钾片（补达秀）等，并可以配合高钾饮食，如香蕉、橘子、橙子、橙汁等，也可配合保钾利尿剂，如螺内酯等。对于低钾明显者，可给予静脉补充，如氯化钾注射液，千分之三的比例给予补充。
肾病综合症转激素治疗是起始要足量，减药要缓慢，而且要长期维持。肾病综合征这种疾病是和免疫相关的一种疾病，治疗这种疾病主要是应用激素，激素能够抑制身体内过强的免疫反应，从而达到保护肾脏的目的。
可服用糖皮质激素类药物：可以降低基底膜通透性，改善水肿，症状改善后逐渐减量。循经护肾疗法：通过健脾益肾、利水排毒来达到增加肾脏血流灌注，促进新陈代谢，改变肾脏病理结构。