低位复杂肛瘘疾病容易复发，所以要注意坐时要让肛门处于悬空状态，便后用水清洗肛部，可以在医院买个电动肛门护理包，里面有肛部清洁器帮助便后清洗，肛部药浴盆放在马桶上熏蒸坐浴，坐姿时用肛部支撑垫帮助悬空伤口，促进水肿消退。
导致病症复发首先是由于在进行手术的时候，病症处理不当，医生并没有准确的将感染的原发灶即内口彻底清除。此外，病人如果对肛门腺处理不当，这些因素都可以导致肛瘘疾病在手术后病症复发。如果病人在手术后没有养成良好的生活习惯，那么都还会导致肝门腺再一次出现感染，从而导致新的肛瘘，而被误认为是复发，所以病人在手术后的清洁卫生是极为重要的，以免导致病症发作。
复杂性肛瘘复发的原因考虑是支管清创不彻底等导致的，肛瘘一般是由三部分组成的，也就是内口、窦道、外口，组成简单的肛瘘，如果外口封闭，形成脓肿，积聚到一定程度就会从肛门其它地方破溃而出，这时候就相当于有一个内口，两个或两个以上的外口，这时候就称为复杂性的肛瘘。
高位复杂肛瘘复发的原因主要是由于治疗不及时，内口没有确切的愈合，或者是继发的残腔的形成，所以对于高位复杂肛瘘这种疾病应该早期进行治疗。因为肛瘘属于肛周的一种慢性感染，在手术当中应该详细的进行探查，确切的找到内口，在每次换药的时候也应该确切的清除内口表面的分泌物，避免形成残腔，并且要让深部组织逐渐的愈合，必要时还需要采取挂线疗法。
复杂性肛瘘术后复发率较高，早期挂线手术复发率约为20%-40%，国外切除瘘管保留括约肌术复发率约为20%。目前临床倾向于将瘘管全部切除，用亚甲蓝进行染色，保留重要括约肌，手术复发率较低，约为1%-2%。临床认为高位复杂性肛瘘是难治性疾病，术后复发率较高，可能沿着肛门呈马蹄形，术前较难以明确其具体分支，手术过程中要用亚甲蓝进行染色。
