子宫内膜异位的诊断与异位部位的位置有关，例如卵巢或子宫。如果出现在卵巢子宫内膜异位症上可以通过妇科检查或超声检查，CT检查显示卵巢有包块，同时月经会有痛经的症状，可根据临床表现，妇科检查和辅助检查进行初步诊断。
可以进行影像学的检查，最常见的是阴道和腹部超声，也可以做盆腔CT、核磁共振。血清中肿瘤标记物CA125的测定也有一定的意义，在中重度的内异症患者中，血清CA125值可能升高，但一般为轻度升高。
做阴超可以检查出子宫内膜异位，如果子宫内膜异位到卵巢上，那做阴超就会看到卵巢上有囊性回声，而且在囊肿内会见到网状分格，囊壁比较厚，同时囊内回声不均匀，如果内膜是异位到盆腔内，那在盆腔内发现有异常的囊性回声，但边界比较清楚，只是囊内的回声比较杂乱。
一般单纯阴超检查可能不准确的，应该积极调理身体较好的，观察平时的月经情况是否正常，或者必要时及时到医院选择配合抽血看一下，观察是否痛经加重的情况，如果确诊的情况也可以选择微创手术调理观察几天。
子宫内膜异位症做妇科检查、B超、彩超、CT等检查。
子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位，称为子宫内膜异位症，可能与经血逆流、子宫内膜异位种植有关，主要有腹部疼痛、月经异常和不孕症状。子宫内膜异位症做妇科检查、B超、彩超、CT等检查，B超、彩超准确率较高。如果确诊为子宫内膜异位症，建议患者及时就诊，以免导致病情加重。
生育年龄女性有继发性痛经，且进行性加重不孕或慢性盆腔痛，盆腔检查扪及与子宫相连的囊性包块或盆腔内有触痛性结节，即可初步诊断为子宫内膜异位症，但临床上结合彩超，ca125的检查来综合判断。腹腔镜检查是目前国际公认的子宫内膜异位症诊断的方法。