如果为肾脏多发囊肿考虑多囊肾可能性大，此病为遗传性疾病，需要应用降低尿蛋白，保护肾脏降肌酐等治疗。如果为肾脏单发小囊肿，直径小于五公分，合并出血，结石感染等情况，一般不需要治疗，每半年或一年复查泌尿系彩超就行。如果单发囊肿大于五公分，需要通过穿刺抽液治疗。
肾囊肿是肾脏内出现大小不等的与外界不相通的囊性肿块的总称，有多种类型，对于小的肾囊肿，无症状时不需要做任何治疗，但要定期复查，观察囊肿是否继续增大。无症状者应经常进行尿液检查，包括尿常规、尿培养，每半年至1年进行一次肾功能检查，包括内生肌酐清除率。对于比较大的囊肿或是有严重并发症的情况下应该考虑作手术治疗。
肾囊肿的治疗具体要看囊肿的大小而定。如果囊肿小于5cm则暂时无特殊治疗方法，但是需要注意饮食与药物对囊肿造成影响，同时3-6个月需要复查肾脏超声，观察囊肿是否增大。当囊肿大于5厘米时可以采取囊肿穿刺硬化治疗、囊肿去顶减压术或者肾脏切除术等。
肾囊肿可以采取手术治疗的方法，并且要尽早的进行手术，可以取得更好的效果。手术可以减轻囊肿对肾脏的压迫，恢复肾功能，避免进一步的损伤。手术之前需要进行详细的检查，一般采用X线造影、肾脏B型超声检查或者CT检查为主。
肾囊肿与多囊肾的区别主要是发病原因不同，多囊肾是一种先天性遗传性疾病，与肾小管梗阻有关，或者与肾单位不同部位的局部扩张有关，而肾囊肿是一种后天性的疾病，它的发病机制是一段扩张的肾小管逐步增大，形成囊肿。
对于肾囊肿的治疗原则是持续观察，必要时需要考虑手术治疗需要结合肾脏彩超结果及肾功能情况需要继续保守观察还是马上手术治疗，一般尽可能选择微创手术，如腹腔镜等。保证充足的睡眠质量。
