巧克力囊肿可采用中医中药调理治疗，具有清热去湿，活血化瘀，养血补气的功效。腹腔镜手术治疗，应为内异症的首选治疗方法。症状及病变均严重的无生育要求的可行此手术。也可以吃一些西药。
巧克力囊肿是可以进行治疗的。巧克力囊肿可以配合中药来进行内分泌的调理，达到活血化瘀的效果。平时要注意保持清淡饮食为主，忌食辛辣刺激性食物和过于油腻的食物，注意戒烟戒酒。也可以使用手术进行治疗。
左侧巧克力囊肿3cm可以用药物治疗。一般卵巢囊肿都是属于良性的病变。建议多注意观察，如果长期不能恢复，建议采取手术治疗。卵巢囊肿和个人的激素水平有很大的关系。建议根据个人的实际情况，听取医院主治医生的建议，做出进一步的判断。
巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
可以采用腹腔镜确诊，手术加上药物治疗。及时去正规医院检查，遵医嘱治疗。如果情况比较乐观，也可以采用中医药物保守治疗。平时多休息，不要做重活。饮食方面要多吃清淡，不要吃辛辣刺激食物。心情放松一些，不要焦虑。
巧克力囊肿用激素治疗最有效。由于巧克力囊肿是激素依赖性的疾病，因此建议用手术和激素来治疗此病。激素治疗也被称为假孕疗法，治疗时主要是让病人出现假性闭经现象，然后按照怀孕期来用激素，使症状得到缓解，但激素治疗只能暂时缓解症状。
