通常来说，小肠镜检查需要1.5-2小时。
小肠镜检查是最常用于病因不明的慢性消化道出血及各种小肠病的检查和诊断方法，适用于无明显诱因出现腹胀、下腹部明显、腹泻、腹痛等情况，或者CT提示小肠壁增厚，在检查的当天要禁食，检查的前1日晚饭要照常进食，而检查前12小时要用至少3L的水冲服清肠药物来清洁肠道，检查时一般需要1.5-2小时。
小肠镜检查操作较为复杂，所以相比大肠镜检查其价格较高。大肠镜的检查费用约为300元，小肠镜的检查费用约为5000元。
小肠镜是一种费时费力的手术方法。小肠镜是观察小肠损伤的关键。目前可以用胶囊小肠镜来观察小肠的病变，这样做会让病人有更好的舒适感，但胶囊小肠镜与肠镜检查存在区别，建议患者遵从专业医生的诊疗方案。
通常情况下，胃肠镜是一种常见的胃肠镜检查方法。是一种与食道、胃镜、结肠镜等检查相媲美的非外科检查金质，可以通过内窥镜直接看到小肠的炎症、溃疡、息肉、肿瘤等病变。另外，还可以进行组织切片、粘膜的染色、病灶的定位，以及对肠镜下出血、息肉、粘膜、狭窄等方面的检查。目前，使用最多的是两种手术方式：一种是双气囊式肠管，一种是一种新型的内窥镜。应结合病情及临床实际选择合适的检测方法。
进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
胃镜检查时，医生右手持镜前段将胃镜放入舌根部，此时病人进行吞咽动作，将胃镜送入食道，而后继续向下送镜子观察胃及十二指肠情况。肠镜是利用一条装有微型摄影机的纤维软管进行检查，其由肛门进入肠道，顺势观察肠腔情况。
