肛瘘应积极治疗，一般常用挂线及切除的方法。挂线多在门诊做，术前要做好配合，不要精神紧张。术前日晚间洗澡更衣，尤其是肛门及周围皮肤要用肥皂多洗几遍，晨起将大便排净，再清洗肛门及周围皮肤。饮食应清淡少渣，不吃辛辣食物，可喝果子水，吃新鲜水果蔬菜。
肛瘘术后伤口完全愈合需要一个月左右，不要干重体力活就可以。术后建议每天用花椒和盐（少量）开水冲一下，晾温坐浴十分钟，每天两次，然后摸点痔疮膏，定期换药，这样有利于伤口恢复。禁食辛辣刺激性食物，保持大便通畅。
挂线手术适用于高位肛瘘，是治疗高位肛瘘的最主要方法。挂线手术的优点：以线代刀行慢切割，在切断肛瘘管壁的同时，造成断端的炎症粘连，防止回缩，可以适当起到保护肛门功能的作用；挂线手术的缺点：挂线后由于疼痛，病人肛门总处于收缩状态，使肛门外的创面不能完全放开，往往使已勒开的创口又很快粘连在一起，结果是外口引流不畅，瘘管还易复发。
挂线手术适用于高位肛瘘。挂线术是目前国内外治疗高位肛瘘的最主要方法。以线代刀行慢切割，在切断肛瘘管壁的同时，造成断端的炎症粘连，防止回缩，可以适当起到保护肛门功能的作用。但缺点是，疼痛明显，尤其是还需要二次紧线，疗程相对较长。
需要进行修补手术的。不要过度的紧张和焦虑，可以去当地的肛肠外科进行治疗，在进行手术的时候，是需要打麻醉药物的，这样能够减轻手术疼痛。禁止食用生冷及辛辣刺激性食物，多饮水。
先在探针尾端缚一橡皮筋，再将探针头自瘘管外口轻轻向内探入。在肛管齿线附近处找到内口，然后将示指伸入肛管。摸索探针头，将探针头弯曲，从肛门口拉出。.将探针头从瘘管内口完全拉出，使橡皮筋经过瘘管外口进入瘘管。提起橡皮筋，切开瘘管内外口之间的皮肤层，拉紧橡皮筋，紧贴皮下组织用止血钳将其夹住；在止血钳下方用粗丝线收紧橡皮筋并做双重结扎，然后松开止血钳。切口敷以凡士林纱布。