肾囊肿的病因目前还不能完全确定，单纯性的肾囊肿，一般是肾小管憩室逐渐发展而来的，并且随着年龄的增长，患单纯性肾囊肿的风险会逐渐增加。左肾囊肿的最大的危害就是发展成恶性囊肿，进而发展为尿毒症。无痛而良性的肾囊肿不需要治疗，但如果囊肿变大、压迫肾脏正常组织，造成肾功能下降，或者如果发现囊肿是恶性的，出现疼痛，往往需要及时治疗。
肾囊肿一般没有什么临床症状，常常是在做彩超时发现肾脏有囊肿，但是如果肾脏囊肿比较大，或者本身继发感染或者本身破裂出血，就会有比较明显的症状。比如：会有腰疼，腰痛一般都是胀痛，一般都是因为囊肿挤压肾脏导致，再有会有血尿，如果肾盂旁的囊肿压迫了肾盂，就会出现镜下的血尿。
大部分病人的左肾囊肿往往没有特殊的症状。当肾囊肿增大以后病人可能会出现腰部不适甚至疼痛的情况，但是左肾囊肿引起的疼痛为隐隐的作痛或者钝痛，大部分情况下不会发生明显的剧烈疼痛。
肾囊肿的大多数患者无症状，少数患者可因囊肿出血或肾癌出现患侧腹痛、血尿或肾周血肿，严重的腹膜后出血很少见。可以表现为副癌综合征，如发热、红细胞增多和高钙血症，应高度警惕肾细胞癌。
肾囊肿对于人体的影响更多在于其占据了肾实质的位置，压迫肾实质影响肾功能的角度。如果肾囊肿在肾里，尤其在肾实质里，一般随着囊肿增大会压迫周围的肾实质，导致局部的肾实质缺血，最终影响肾脏的功能。有些特殊的囊肿对人体的影响更为巨大，比如囊性肾癌。
