治疗细菌性痢疾的方法有：抗菌治疗，对于大便培养志贺菌阳性者，需要抗菌治疗。中西医结合治疗，用抗菌药控制急性症状外，按中医分型辨证施治用汤药治疗，同时可加用针刺治疗以调整肠道功能紊乱。
对症治疗，应用碱性类的药物，可降低酸性尿液对膀胱的刺激，抑制平滑肌细胞类的药物，可解除膀胱痉挛和缓解刺激症状。切除治疗术，早期肾穿刺造瘘鵻，充分引流，若肾功能恢复鵻，则矫治梗若，功能鵻不能恢复，且对侧肾功能良好者，应行患侧肾切除术。
中医治疗，在治疗中强调身心同治，加强心理疏导，增强患者的思维和应变能力，利用现代医学心理学配合，以调理脏腑、开窍醒脑、定志安神等中医理论为准则，辩证治疗。综合性治疗，服用药物和心理疗法联合治疗，药物治疗能够短期的缓解部分症状，心理疗法，心理疗法主要有行为疗法和认知行为治疗两种方式。
封闭疗法，俗称“打封闭针”就是直接把药物注射到椎管内或神经根周围，局部麻醉以达到止痛效果。封闭药效过后症状马上又恢复；一般治疗包括物理治疗，像电疗、磁疗、蜡疗、水疗、光疗等，这些方法可以改善局部的血液循环，促进滑膜炎症的吸收，缓解肌肉痉挛，降低骨内压，可以加快关节软骨的新陈代谢，减轻关节负荷，保护关节功能。
手术治疗，手术的原则是梗阻较轻，肾盂肾盏扩张不严重时，作单纯矫形手术，扩张明显者，应切除病变的狭窄段及过度扩张的肾盂，再作吻合术，更严重者作肾切除术。体外冲击波碎石，是利用体外冲击波聚焦后击碎体内的结石，使之随尿液排出体外。优点是不需麻醉、不需手术。
中医治疗，中医治疗根据孩子的体质来选择相应的中药，对症下药辩症论治，同时配合按摩，效果好。对症治疗，发烧给予退热药，如果咳嗽、痰比较多，给予祛痰药，而咳嗽非常剧烈，会给予止咳、镇咳药等。
