肛瘘的鉴别诊断主要应当与肛门直肠周围常见疾病进行鉴别。比如肛周脓肿，也是一种感染性疾病，病情相对比较急骤，可伴有局部红肿，疼痛及波动感。其次，肛瘘也应当与肛裂进行鉴别，肛裂通常表现为便秘、便血和疼痛症状，肛门周围没瘘口存在。肛周皮脂腺瘤感染破溃之后与也不容易与肛瘘相鉴别，在详细检查之后，可以发现前者并没有与直肠腔内相通的内口。
气胸的鉴别可以跟急性心肌梗死鉴别，急性心肌梗死多因胸痛、呼吸困难或合并休克，可以误诊为急性心肌梗死，心肌梗死可有高血压、冠心病的病史、心音性质及节律的改变或者心功能不全的体征。
一般的流感主要有发热、流鼻涕、咽喉肿痛、咳嗽、全身酸痛等。这些患者的临床表现都比较轻微，经过正确的处理后，病情会有所好转。脑膜炎是由双球菌导致的，也有可能是由病毒感染导致的。病毒性脑炎的初期表现类似于流感，但其临床表现比较剧烈，不能很好的抑制住身体的温度，如果是感染了脑神经会引起剧烈的头痛、喷射性呕吐、嗜睡、神经反应阳性，还有可能会导致昏迷等。脑炎、流感、高热、恶心呕吐、食欲不振、浑身无力、头痛等都属于典型的表现。少数的人会有皮疹，不过这种情况比较轻微，一般不会表现出来。
矮小症是儿童的内分泌科和儿童的生长发育科比较常见的一种病症，可以通过孩子的饮食情况、病史、身高等来判断。
有些孩子会因为其它原因而变得矮小，如儿童的软骨发育不良、甲状腺功能低下等。另外，儿童也有可能是体质性的青春期发育延迟，要与矮小症进行鉴别，也有一些特殊的症状。如果孩子出现了矮小症，需要做染色体、基因等方面的检测。
狐臭在临床中是指臭汗症，鉴别自己有没有臭汗症可以通过症状和气味来判断。
要确定自己有没有臭汗症，要看是不是出汗比较多，因为臭汗症的患者会伴随有多汗症的情况。而且出汗可能会伴有颜色上的异常，比如患者出汗以后局部的衣服会被染黄。患者局部出汗以后会有明显的异味，不光会在腋下，在衣服、毛巾、床单上也都会有明显的异味出现，如果有的患者自己不能够觉察可以向周围的人进行确认。
股癣和湿疹的区别如下：
湿疹为过敏性疾病，呈对称分布，急性期以糜烂、渗出、肿胀为主。慢性期以苔藓样变、鳞屑、红斑为主，均伴有瘙痒。而股癣为真菌感染性疾病，一般首先是单侧发病，后期可以传染到另一侧，最初为红色的斑片，皮疹逐渐向四周扩展，中央皮疹逐渐消退，周边以丘疹、鳞屑为主。另外湿疹真菌镜检为阴性，而股癣真菌镜检为阳性。
治疗方法方面也是不一样的。湿疹外用激素类药物后，而股癣需要选择抗真菌药物治疗。湿疹不具有传染性，而股癣具有传染性，可以导致女性发生真菌性阴道炎。