脑干梗塞是最严重的脑梗塞，严重时会有生命危险。在急性期行溶栓，抗凝，抗血小板聚集，降颅压，减轻脑水肿，扩张血管，改善微循环，营养脑细胞，吸氧，维持生命体征。昏迷患者要做好呼吸道清洁、吸痰、做好护理、经常翻身拍背、做被动的肢体活动，预防肺部感染、下肢血栓形成、褥疮等并发症。在病情稳定后，要积极进行康复训练，以促进其各项功能的恢复。在日常生活中要注意控制脑梗塞的危险因素，避免再次发生。
脑干急性脑梗塞可以通过以下方式进行治疗：
脑干急性梗死，通常会有较重的表现。大动脉阻塞会造成梗阻，造成患者的生命危险，因此必须要进行有效的处理。在早期，达到了溶栓指征，可以采用阿替普酶进行溶栓，使其重新开放。也可以通过做脑血管造影来明确脑血管的狭窄位置，通过血管内介入治疗，或是通过外科手术来减轻症状。可以口服阿托伐他汀和阿斯匹林肠溶片。
脑梗患者的康复期指发病一年内，一年内的患者神经功能缺损的症状和体征可以逐渐恢复，如果超过一年，称为后遗症期，进入后遗症期的患者，神经功能缺损的症状和体征恢复起来比较困难，主要是给予功能锻炼，防止肌肉萎缩和肌肉挛缩，对于康复期的患者，可药物治疗，也可康复治疗。
主要应用血栓通等活血药，配合抗血栓药物治疗，再配合针灸理疗及康复锻炼。高血压应积极治疗脑梗塞，尤其是有腔隙性梗塞史者，需防止复发，注意压力不宜过快或过低。
主要应用血栓通等活血药，配合阿司匹林等抗血栓药物，配合针灸理疗及康复锻炼。高血压应积极治疗脑梗塞，尤其是有腔隙性梗塞史者，需防止复发，注意压力不宜过快或过低。急性期原则是尽快改善脑缺血区血液循环，促进神经功能恢复。