胃间质瘤良恶性鉴别根据低度恶性，如直径为几毫米的胃间质瘤，通常判断为低度恶性或趋于良性，此类肿瘤往往只需定期检查；还有中度恶性：若肿瘤直径达到2-3cm，则判断为中度恶性，此时需通过手术进行治疗。其次是高度恶性：若肿瘤达到5cm以上，则为高度恶性，需及时进行手术治疗，以防危及生命。
胃间质瘤是发生于胃，起源于间叶组织，是属于非上皮组织而且恶性程度比较低的肿瘤。但胃间质瘤不同于常见的胃癌，胃癌是起源于胃的黏膜层，起源于胃的叫间叶组织肿瘤，跟胃癌来比是胃上常见的肿瘤，若发展成恶性肿瘤就是胃癌。间质瘤跟胃癌相比是起源不一样，还有是间质瘤少见发生率比较罕见，是少见的胃的恶性肿瘤。间质瘤是交界性肿瘤，可分为低度恶性和高度恶性。
不是癌症，属于恶性肿瘤。确诊为胃间质瘤，一定要到正规的医院去进行手术切除肿瘤，如果不及时进行手术治疗是很有癌变的可能。如果手术治疗的效果不是特别好，可以进行放疗治疗。
胃间质瘤同时具备良性特质与恶性特质，无法简单判断其良恶性。根据肿瘤的大小，将胃间质瘤区分为，低度恶性，中度恶性和高度恶性。直径为几毫米的胃间质瘤，判断为低度恶性或趋于良性，此类肿瘤往往只需定期检查。肿瘤直径达到2cm-3cm或以上为中度恶性，此时需通过手术进行治疗，以防危害生命。
胃间质瘤危险，可以通过手术根治性切除者，通常也不进行活检。不能根治性切除、联合脏器切除者，可以考虑进行活检，采用内镜下超声引导活检，引起肿瘤播散的风险较小。如果选择经腹腔穿刺活检，可造成肿瘤破裂、出血甚至肿瘤播散的风险，需予以避免。
胃间质瘤这种疾病一定要及时的进行治疗，在早期的时候治好还是非常高的。胃间质瘤能治好的，胃肠道间质瘤，无特异性临床表现，病程可短至数天长至20年，恶性胃肠道间质瘤病程较短，多在数月以内。良性或早期者无症状。