怀孕期间可以进行核磁共振检查，因为孕妇有肥胖、羊水不足、胎儿已经进入盆内，或者是产前超声无法确认的情况。
可以为胎儿胃肠道和消化道的异常情况提供更多的补充资料。建议孕妇和家人不要害怕核磁共振会产生辐射，也不要担心会对胎儿的发育有什么影响。在怀孕的3个月内，胎儿正处在细胞的分化发育阶段，因此要避免做核磁共振。
核磁共振可以用于观察脑结构的变化，对于脑器质性病变造成的癫痫可以提供影像学的诊断依据，但是对于无器质性病变造成的癫痫是没有帮助的，癫痫的诊断是靠脑电图的诊断的，如果患有癫痫，是需要进行脑核磁共振检查的，看看脑是否有器质性病变，比如肿瘤、囊虫病及结构异常，请及时到医院治疗，以免病情恶化。
女性月经期间是可以做核磁共振的。
核磁共振没有放射性,检查前确定身上没有金属类物品,避免导致危险。经期做核磁共振提前跟医生沟通,若带有节育环不建议做核磁共振,因为节育环是金属类的。做核磁共振不会影响身体,部分患者会因封闭的空间导致幽闭空间恐惧综合症,感觉窒息、呼吸急促,这类症状极少见,女性经期做核磁共振没有多大影响。经期注意饮食,保持生活规律,女性经期身体虚弱,要多休息，饮食要清淡为主,不吃辛辣、刺激的食物,注意经期间护理，避免导致月经不调等情况。若是经期做检查,建议先跟医生沟通，了解注意事项,避免检查对患者带来不的影响。
一般情况下，骨折可以进行核磁共振检查，前提是没有植入心脏起搏器和任何的金属材料，具体内容如下：
核磁共振检查会造成一定的风险，而且大部分的骨折都可以通过X光片来确诊。对于部分骨折，有一定的诊断难度，当要确定骨折的位置时，可以进行Ct扫描。除非是一些特别的病例，例如脊柱骨折，通常要通过核磁共振来确定椎管中有没有骨块占据，或者是硬膜囊被挤压。所以，对于有骨折的病人来说，骨折可以进行核磁共振检查。
在带节育环是可以做核磁共振检查的。因为节育环多数是塑料制成的。如果是金属的节育环，就不能做核磁共振检查，因为金属的节育环在做核磁共振的时候，可能会由于磁场的吸引而出现子宫腔内节育环的移动。
磁共振是完全可以进行全身各个部位检查的，比如头颅，心肺，腹部和四肢关节等方面，例如CT可以发现脑外伤、脑出血、脑肿瘤、异常血管、脑萎缩等，可以检查胸壁、肺部以及纵隔的病变，对于肝脏占位性病变，以及全身骨骼病变都较其它的影像学检查方法更具有较大的优势。
