自然流产第三天了腰疼可能是多种原因导致的，具体分析如下：
如果女性在自然流产后三天会感到腰痛，可能是由于受了某种寒气的刺激，也可能是由于没有休息好，也可能是由于工作过度导致的。在流产后要多休息，不要过度劳累，不要做太多的体力活，要让自己的情绪得到充分的释放。同时要注意保持外阴的卫生，经常更换卫生巾，在一个月之内不能同房。需要到医院做个全面的检查，确定是什么导致了自然流产，然后才能对症治疗。
清宫手术是指在药物流产没有流干净，或者是做人流以后没有完全做干净采取的补救措施，主要是用刮勺把宫腔内残存的物质清除干净。自然流产三天如果做B超，看到宫腔里有残留物，这时就需要清宫。
怀孕以后出现的自然流产一般属于胚胎发育不好的情况，是人类进化自然过程适者生存的表现。自然流产后，阴道出血的时间一般不会超过10天，但是流血量会比正常来一次月经量要多。如果B超检查宫内干净，可不必处理。等下一次来月经之后，可以选择同房。但是同房期间需要采取避孕措施。自然流产以后，不要在第二个月就怀孕，最好是自然流产半年以后才准备怀疑，对女性身体都比较好。
自然流产要休息两周左右的时间。
如果是自然流产，一般要在两个星期内多卧床休息，但是具体的时间与个人的身体状况以及平时的保养情况有关。如果是在自然人流后，注意在一个月之内不能进行性生活和盆浴，否则会引起病情恶化。平时要多吃一些富含维生素和高蛋白的食品，不要食用辛辣刺激的食品。做好常规复查，一旦发现有炎症，要遵医嘱服用抗菌药物的治疗，流产不彻底，要做好的清宫手术。
头胎自然流产不是正常现象。
流产的病因主要是胚胎发育不全所致、内分泌功能失调等、生殖器官疾病等、孕妇的全身性疾病，外伤、心情急了、胎盘发育不良等、母儿血型不合等。
但头胎自然流产也不都是不好的，由于头胎自然流产的人，大多胎儿染色体出了毛病，在优生优育方面，有可能优胜劣汰，孕妈妈不需要过于难过，也不需要强制保胎，病人不必太着急。
而若自然流产2次或更多次，然后是复发性流产，免疫性因素所致者居多。建议在下一次妊娠前，到医院复查下卵巢、子宫功能及各种激素含量，在备孕前，精准诊断针对性处理。
通常情况下，没有早期怀孕怎么自然流产这一说法，早期怀孕的患者可以通过无痛人工流产术、药物流产等方式来流产。具体情况分析如下：
无痛人工流产术：无痛人工流产术一般是指在怀孕一周以内，用人工的方法加上静脉麻醉终止妊娠的手术流产，早期怀孕的患者一般可以通过负压吸引术、双腔减压无痛人流术等方式终止妊娠。
药物流产：药物流产一般是指在停经49天之内，早期怀孕的患者可以按照医嘱使用米非司酮片、米索前列醇片等药物进行流产，将妊娠组织排出体外。
