卵巢囊肿穿刺检查治疗本身对于妊娠是没有什么影响的，但卵巢本身可能会引起出现排卵异常和导致不孕的情况。卵巢囊肿的治疗原则在意一旦发现要及时给予手术治疗。仅仅是比较小的卵巢囊肿对于妊娠是没有什么影响的，穿刺后是不会影响怀孕的，所以在穿刺后是可以生小孩的。
巧克力囊肿会出现痛经，痛经是巧克力囊肿最主要的症状；出现月经不调的症状；同房时发生疼痛感觉；会导致不孕症的发生；发生腹膜炎症。及时的到医院进行检查，可以把身体的病情降低到最低，危害性降到最低。
要注意自身保暖，避免感寒着凉。月经期间，禁止一切激烈体育运动及重体力劳动。青春期要避免受惊吓，以免导致闭经或形成溢流。学会控制情绪，不要生闷气，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常。卵巢巧克力囊肿大于7厘米以上者，在月经期或月经中期一定要情绪稳定，避免过度劳累。一旦囊腔内张力突然升高，囊壁破裂，会形成急腹症。注意定期进行B超复查，以便及时发现囊肿的复发，在其较小的时候采用药物治疗。
平时要多进食一些水果蔬菜，不要吃辛辣还有过凉的食物，月经期间禁止一切剧烈体育运动及重体力劳动。月经期要做好自身的保健注意控制自己的情绪不要生闷气，这样才能有效的防止复发。
一般巧克力囊肿的病人是会出现腹痛的症状的，甚至是痛经进行性加重、性交疼痛、不孕及月经失调。这种病可以采用药物来对抗或抑制卵巢的周期性内分泌刺激。最初是用睾丸酮类的雄性激素，因副作用较大，而且效力亦不够强，已逐渐摒弃不用。后来则逐渐发展成为假孕疗法及假绝经疗法。
手术并不能完全去除所有病灶，有些微小的是看不到的，所以确实具有复发的风险，巧克力囊肿实质上是一种子宫内膜异位症，药物治疗效果欠佳，对于生育需求的病人还是首选有实力有经验的大医院微创手术治疗。
