胃间质瘤良恶性鉴别根据低度恶性，如直径为几毫米的胃间质瘤，通常判断为低度恶性或趋于良性，此类肿瘤往往只需定期检查；还有中度恶性：若肿瘤直径达到2-3cm，则判断为中度恶性，此时需通过手术进行治疗。其次是高度恶性：若肿瘤达到5cm以上，则为高度恶性，需及时进行手术治疗，以防危及生命。
胃肠间质瘤是恶性肿瘤，大部分的胃肠间质瘤恶性程度不是很高，治疗方法主要是手术切除及靶向药物治疗。现在诊断是胃肠间质瘤的情况下需要及时的手术切除及病理化验，如果胃肠间质瘤直径大于5厘米的症状下，术后一般需要口服靶向药物如格列卫，预防肿瘤复发及转移。
胃间质瘤同时具备良性特质与恶性特质，无法简单判断其良恶性。根据肿瘤的大小，将胃间质瘤区分为，低度恶性，中度恶性和高度恶性。直径为几毫米的胃间质瘤，判断为低度恶性或趋于良性，此类肿瘤往往只需定期检查。肿瘤直径达到2cm-3cm或以上为中度恶性，此时需通过手术进行治疗，以防危害生命。
间质瘤分为良性肿瘤和恶性肿瘤，也是癌，想要看胃间质瘤是良性的还是恶性的，因为在胃肠道，手摸不会有触感，所以只能是切片做病理检查。如果是有恶性的病变，应该及时手术治疗。在饮食上不能吃油腻，也不能吃太多辛辣的。
胃肠间质瘤是源于胃肠道未定向分化的间质细胞，是一种间叶组织来源肿瘤。所有这部分间叶组织来源的肿瘤应该都有复发转移的倾向和可能，因此在本质上仍然是属于恶性肿瘤。
胃肠道间质瘤需要手术治疗，要求R0切除，术后还要进行辅助化疗、一系列的治疗，胃肠道间质瘤术后有复发率，常规胃肠道间质瘤的复发率很高，一般在40%-90%，原发病灶比较孤立或者小的病灶，复发率是35%。