月经干净后又流血的原因有以下几方面，具体如下：
月经干净了又出血了，称之为月经间期的出血，是一种不正常的现象。一种是由于功能性的原因；另一种是由于器质性病变所导致的。功能性原因导致的月经间期出血主要常见于卵巢功能的异常，比如青春期的女性由于下丘脑-垂体-卵巢轴的调节功能还不完善，会导致对月经调节不稳定，因此会出现月经不正常，其中就会导致月经间期的出血。
月经干净两天后又流血考虑与月经未完全结束、宫颈息肉等因素所致，需要对症治疗。
如果在月经干净后两天就开始出血，可能是因为月经还没有彻底清除，导致子宫内还有少量的血，进而再次流出血液。如果出血时间不是很久，并且月经来潮时间至此未超过七天，通常无需过度紧张。但如果来月经的时间超过七天，月经结束后还在流血，考虑与宫颈息肉相关，同时还要注意宫颈是否存在子宫肌瘤，可采取手术治疗。
一般情况下，月经干净后又流血可以采用以下方式进行治疗：
月经干净后又流血，而且流血时间不超过三四日，可能是因为子宫内膜短暂性脱落造成的。不需要特别的处理，平时要多加注意，不要着凉。女性在月经干净后又流血，这可能是因为激素失调或是子宫内膜病变引起的，建议到医院做一次性激素六项和妇科彩超。女性服用妇科调经颗粒可以缓解内分泌失调。子宫内膜病变要进行宫腔镜检查。
月经干净后又流血可能是由于月经期间，患者受到外界环境的影响，或者是因为在月经期间有过性生活，造成子宫没有完全恢复，所以患者在月经结束之后，会引起二次出血的表现。另外一种情况有可能是患者在月经结束后的排卵期，出现排卵期出血的表现，一般在排卵期出血是属于正常的生理现象，无需治疗，但是这种出血一般不会经常出现。
一般来说，女性月经干净五天后又流血可能是卵巢内分泌、子宫内膜、宫颈等部位出现病变。
建议女性面对异常的子宫出血，应该先前往医院，做性激素六项妇科阴道超声等检查，监测子宫内膜厚度，以及是否有子宫肌瘤、子宫内膜息肉等疾病。此外，女性还应该做宫颈的防癌筛查和妇科的常规检查，可以查看出血是宫颈癌、宫颈病变等因素引起的。
通常情况下，月经干净后又流血可能是内分泌失调、肿瘤、妊娠、避孕药等导致的。具体分析如下：
1.内分泌失调。由于内分泌紊乱，卵巢分泌雌激素减少，导致子宫内膜脱落出血。
2.肿瘤。生殖器官的良性与恶性肿瘤，都可能引起不规则的阴道出血。
3.与妊娠有关的出血。如先兆性流产、宫外孕或葡萄胎、着床出血、排卵期出血等。
4.与避孕有关的出血。如服用避孕药后，会出现撤退性出血或服药不规律以及子宫避孕环移位可能导致不规则出血。