巧克力囊肿是一种子宫内膜异位症的表现形式，目前认为以腹腔镜确诊、手术加上药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。治疗时需要去正规大医院。
要常吃碱性食物以防止酸性废物的累积，因为酸化的体液环境，是正常细胞癌变的肥沃土壤，调整体液酸碱平衡，是预防肿瘤的有效途径。养成良好的生活习惯，不吸烟，不饮酒。不要过多地吃咸而辣的食物，不吃过热，过冷，过期及变质的食物。
注意多吃些蔬菜水果，不要吃垃圾食品，不要吃非季节性蔬菜水果，不要吃含有激素的食物。精神放松，保持心情舒畅，保持阴部清洁卫生。可以吃蔬菜、蛋类、瘦肉、稀饭、面条、馒头、米饭等食物。
药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。不过，经保守性手术后仍有可能复发，适宜食物：牛奶、菠菜、白菜、油菜、香菇、瘦肉、鸡蛋、鲫鱼、苹果、鸭梨、大枣、花生、黑米等。
卵巢囊肿忌食刺激性食物及饮料。禁食热性、凝血性和含激素成分的食品。饮食宜清淡，饮食应富含足够的营养，纠正偏食及不正常的饮食习惯，不食发物。多补充蛋白质，蛋白质是抗体的重要组成成分，如果摄进不足，则会造成人体的抵抗力下降。手术后半个月内，更应该注意蛋白质的摄入。
女性由于巧克力囊肿而行腹腔镜手术，那在手术后6小时内要暂时禁食。而在6小时以上就可以进食少量流质食物，这时可以吃小米粥、米汤或者是蔬菜汤等到肠道排气以后，就可以适当进食半流质食物，同时要吃水果和新鲜的蔬菜，比如苹果、香蕉、白菜等。等到大便排出以后就可以正常进食，这时就需要吃高蛋白食物比较好，因为可以促进身体的恢复，比如多喝鲫鱼汤、排骨汤、猪蹄汤等。
