一般情况下，核磁共振是神经外科最常用的技术之一，应用于大脑病变患者，甚至是癫痫症患者。MRI可以检测到脑部的组织是否有任何的问题，比如肿瘤、出血、创伤、脑组织的畸形等。而且，清晰度更高，甚至可以通过谐波检测，观察到微小的损伤。CT会产生一些放射性物质，对于一些孕妇和即将受孕的女性来说，最好不要接触。而核磁共振成像则比较无放射性，因而更为保险。
CT对于头部，可以看脑组织的形态，脑组织内的密度变化，区分是否有缺血，是否有炎症，是否有肿瘤，是否有出血。CT对于脑部的颅骨也有诊断意义，是否有骨折，对于眼眶、鼻窦，对于颈椎、胸椎、腰椎，对于胸腔、腹腔、肺部，都有检查的意义。CT通过往身体里注入造影剂，对于血管，对于心脏都有诊断的意义，CT的作用是很强大的。
进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
CT只是一种检查机器，或说是方式，可以全身检查，也可以部分检查。CT对所有器质性疾病都可以进行检查，尤其对密度差异大的器质性占位病变都能检查出来并做出定性诊断。
脑磁共振可检查血管疾病，如脑缺血，脑梗塞，脑出血，血管畸形等；可检查肿瘤病变，如良性囊肿，垂体瘤，脑膜瘤；恶性，胶质瘤，脑转移瘤等；可检查头外伤，如脑挫裂伤等；可检查鼻窦占位，鼻窦炎症。
