通过尿道插入输尿管软镜进入膀胱，在膀胱中通过患侧输尿管膀胱开口部位，插入软镜到结石肾一侧的输尿管，软镜通过输尿管进入肾盂，使用钬激光对肾盂中的结石进行碎石，冲洗出粉碎的结石后退镜。
输尿管软镜容易出现感染甚至感染性休克，手术后需要严密观察生命体征情况，如果出现心率快血压低、寒颤等情况，需要及时告知。输尿管软镜术后第二天可以下床活动，进食软食，多喝水。不能活动过多，容易引起腰痛。术后需要复查结石情况，术后一月拔出输尿管支架管。
肾结石会刺穿输尿管，这是因为肾结石的形状不规则，周围有菱形，在输尿管内运动的时候会刮破输尿管，引起输尿管的细小血管破裂，引起血尿。输尿管的划伤通常是一种很轻微的疾病，并不是很严重，治疗时主要是用来治疗结石，尽早的用各种方法将结石清除掉，如果是输尿管壁的划伤，通常不需要特别处理，等结石排出后，这些划痕就会慢慢的愈合。
输尿管软镜取肾结石技术，单纯适用于2cm以下肾结石，适用于2cm以上包括柱状结石和鹿角状结石，大致方法如下：提前一周置入输尿管支架管，建立手术通道；通过输尿管置入软镜鞘，输尿管软镜经软镜鞘进入肾盂，在显示屏监视下激光碎石，最后输尿管再置输尿管支架，避免输尿管狭窄；术后观察结石清除率，若排出彻底，可在一月后拔出输尿管支架管，若仍有残余结石，需依据病情评估，选择合适治疗方案。
输尿管软镜取肾结石技术，单纯适用于2cm以下肾结石，发展到结合其它辅助手术设备，适用于2cm以上包括柱状结石和鹿角状结石，大致方法是提前一周置入输尿管支架管，建立手术通道。通过输尿管置入软镜鞘，输尿管软镜经软镜鞘进入肾盂，在显示屏监视下激光碎石，最后输尿管再置输尿管支架，避免输尿管狭窄。
一般情况下，输尿管软镜治疗肾结石的方法是：经尿道经输尿管软镜进入膀胱，经患侧输尿管膀胱开口处插入软镜至结石肾一侧输尿管，软镜通过输尿管进入肾盂，用钬激光碎石清除结石，取出碎石后退镜；采用膀胱镜将“双J管”插入输尿管，以保证输尿管的通畅，防止残余结石堵塞输尿管。输尿管软镜碎石对于小于2cm的肾结石有很好的效果，但是对于太大的结石，可能效果不是很理想。
