先天性巨结肠一般情况下是可以治疗的。先天性巨结肠是小儿普外科比较常见的一种病，正常情况下都能治好。
巨结肠诊断一经确立，应在保证安全的情况下择期手术，否则可使病变肠段所累及的正常肠管发生代偿性病理改变，手术中可能被迫切除而不能再生，此外，延迟手术也必然造成患儿的生长发育明显甚至严重滞后于正常同龄儿童。部分短段和超短段病人可以采用保守治疗的方式。
一般来说除部分短段型和超短段型巨结肠外，都以根治性手术治疗为主。
先天性巨结肠的治疗，包括药物治疗和手术治疗，药物治疗主要针对轻度先天性巨结肠的患者，或有全身感染症状且不能耐受手术的患者。
手术治疗包括结肠造口术、切除术。结肠造口术主要针对急性肠梗阻、肠穿孔或小肠结肠炎等患者，结肠造口术后6个月可进行根治性切除。
先天性巨结肠可出现于早产儿或足月儿。不论是早产儿或是足月儿患先天性巨结肠，她们的总体治疗方案基本相同。针对短段型先天性巨结肠，假如归属于超短段型，可以先试着保守治疗，即人工大便和扩肛，一部分患者可以预防手术治疗。针对别的短段型先天性巨结肠，及其常用的、长段型和全直肠型先天性巨结肠，必须手术医治。早产儿由于重量轻，可以晚一点手术治疗。手术前应每日开展返流和洗肠医治，以减轻肚胀病症。直到小孩增重，一般状况优良，再动手术。
关于先天性巨结肠的治疗，术后扩肛是先天性巨结肠手术之后，会形成一个正常的肛门结构，但是对于一些孩子来说，因为术后有疤痕等等，各种问题都会影响孩子的排便，所以手术后一定要扩肛，因为随着疤痕的形成，会影响到孩子的排便功能，所以一般来说，在手术后两周左右做。肛门扩张治疗，因为这个肛门扩张的情况不是所谓的，我们随时都可以做，一般是两周。因为我们主要是要观察孩子肛门形成以后，吻合口生长的具体情况，有没有直肠回缩甚至脱垂，因为毕竟扩肛是一个重要的内容，但是还是要看孩子的情况。不同的是，需要注意的是，每个孩子都要遵循温柔的原则，不能太盲目。术中应根据情况确定扩肛深度，并详细咨询医生。切勿盲目，即主动扩张肛门，或改变肛门数量，这都是不允许的，一定要遵医嘱。
先天性巨结肠的治疗包括保守治疗和手术治疗两种方法，保守治疗主要是适合于症状比较轻的，或者是没有完全确诊的先天性巨结肠的。手术治疗方法主要指的是肠造瘘术。一旦确诊了先天性巨结肠，要及时的积极的治疗，这样可以避免先天性巨结肠的严重并发症。
先天性巨结肠一般主要的检查方法有肛门直肠的测压法，其次也可以配合X平片，或者钡灌肠等方法的。确切的方法是组织活检的结果的，可以做一下肛门齿状线上的部位的组织，病理见异常的增生的神经节纤维束。
先天性巨结肠是病变肠壁神经节细胞缺如的一种肠道发育畸形，有家族性发育倾向，至今病因不明。宝宝目前已经做了手术治疗，术后的恢复过程中，要尽量避免剧烈活动导致伤口裂开，注意伤口清洁，同时还需要注意饮食均衡、科学营养、少吃多餐、养成定期排便的良好习惯。