巧克力囊肿可以做B超检查，通过B超检查能够发现囊肿的大小以及位置，可以看见囊肿的具体部位，还可以判断囊肿内部的具体性质。初次前往医院检查的时候需要进行常规的妇科检查，比如三合诊检查、双合诊检查，这种检查可以发现囊肿的存在。
卵巢巧克力囊肿的常见症状，性生活痛、这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；白带异常；痛经；即使没有避孕也不会出现怀孕的情况。
巧克力囊肿是可以通过妇科检查的方式来判断巧克力囊肿的主要发病部位，对于子宫内膜异位症的病人来讲，是很容易产生触痛感的，巧克力囊肿的直径会小于十厘米左右。可以通过腹腔镜检查。
巧克力囊肿挂妇科，可采用药物或（和）手术治疗（保守性）。迄今为止，除手术外，尚无一种理想的治好方法。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病好点的处理方法。
预防巧克力囊肿注意多吃些蔬菜水果，不要吃垃圾食品，不要吃非季节性蔬菜水果，不要吃含有激素的食物。精神放松，保持心情舒畅，保持阴部清洁卫生，不要喝酒抽烟，定期做复查，可以配合活血化瘀药物进行治疗的，必要时可以考虑做微创术。
可能会出现痛经的症状，性交疼痛，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕及月经失调，在不孕的女性中，子宫内膜异位造成的不孕占有很高的比例。
