目前治疗肛周脓肿比较好的治疗方法，是手术治疗配合抗炎药物，二者缺一不可，因为单用抗炎药物治疗，效果差，不能治好，而单纯的手术治疗，愈合比较慢，所以要把二者结合在一起才能快速治好肛周脓肿。
肛周脓肿术后可以正常排便的，肛周脓肿手术一般会造成肛门周围的组织受损，但是不影响正常排便，大便一定要定时解掉，不然引起便秘会更加难处理，大便后用清水洗一下肛门周围，保证肛门的卫生，平时饮食要注意保持清淡，主要以流质食物为主。
脓肿切开引流对位置已达盆底的盆腔脓肿，常采用后穹隆切开引流方法予以治疗。可先自阴道后穹隆穿刺，如能顺利吸出大量脓液则自该穿刺部位作切开排脓后插入引流管如脓液已明显减少可在3天后取出引流管，脓液大量引流后，病人的症状可以迅速缓解。在应用引流法的同时应加用抗生素。
肛周脓肿的保守治疗还包括进行中药熏洗，比如苦参汤或者五倍子汤，起到清热利湿、消肿的作用。如果肛周脓肿经过保守治疗无效，则应当及时地行手术切除，可以行肛周脓肿切开引流。
一半可以选择肛周脓肿切开引流手术，一般可以在门诊局部麻醉下完成，但是，部分肛周脓肿，由于脓肿位置比较深，需要在住院全身麻醉或者硬膜外麻醉下进行，另外，肛周脓肿除了手术之外，还需要进行抗菌素治疗，以及伤口局部处理。
