如果宝宝大便中有果冻肠粘液，需要根据病因进行治疗。
一、非传染性疾病。宝宝的消化能力差，如果吃了太多的辅食，会导致宝宝的消化不良，如果宝宝有大便果冻状的粘液，可以服用益生菌、小儿保济口服液等助消化药物。
二、感染。宝宝的肠道免疫功能比较弱，容易感染细菌和病毒。宝宝感冒后，如果进食不干净的食物或者乳具不洁，就会有大便果冻粘液的现象，可以服用蒙脱石散。所以要注重宝宝的饮食习惯。
宝宝在患感冒的时候，会经常有大便果冻样黏液的症状。这种时候，要等着感冒治好了，大便果冻样黏液就好了。另外，肠道内感染的时候，由于奶具消毒不严格，导致病从口入，宝宝也会出现粘冻样大便。
生理因素是由于婴儿的肠道功能尚不完善，所以有些婴儿会出现胶状粘液大便。父母喂养婴儿的含淀粉食物，如过浓的奶粉、不适当的奶粉、奶粉中添加的糖、太冷的牛奶或过早添加的米浆等，很容易导致婴儿食物堆积，从而导致粪便中出现胶状粘液。
婴儿大便有果冻状粘液需要排除一下是否由于细菌性痢疾导致出现的粘液便的情况，其次还要考虑是否有真菌感染。可能是由于轮状病毒感染导致出现的粘液便也不能完全排除，做一下全面的检查，治疗上主要是通过化验结果来决定选择药物的种类，如果细菌感染，则给予对症的抗生素如果是轮状病毒感染，主要要给一些抗病毒的药物。
有泌尿系统的炎症，比如慢性尿道炎、男性前列腺炎、女性尿道旁腺囊肿、脓肿等。主要由于尿道黏膜腺体分泌量增多而引起，可以进行局部分泌物的检查明确有无并发症，比如病原体的感染应该进行抗炎对症治疗。仅仅有慢的炎症，保持多饮水、勤排尿、避免刺激饮食、调整作息规律、饮酒、久坐、着凉，同时应该尽量避免引起疾病加重的因素，如频繁自慰以及过多夫妻生活。
婴儿大便有果冻状黏液是由于宝宝消化功能不好，在进食之后不能够很好的进行消化，肠粘膜分泌过多粘液和食物之间相互发生反应，有可能就会出现果冻状粘液大便。
