染色体平衡易位会的危害是会引起胎儿畸形，染色体异常，一般是不能治疗的，属于遗传性疾病，也不能手术治疗。手术没有效果，一般这种疾病有遗传史，很容易遗传给下一代。
染色体平衡易位者只有2/18的概率生出正常孩子，但平衡易位型胎儿将来也要面对同样的生育问题。染色体病无法治疗，可以做PGD治疗，即胚胎植入前遗传学诊断，也就是第三代试管婴儿。对种植的胚胎进行遗传学诊断，对胚胎筛查，选择正常胚胎移植。或者也可以尝试自然受孕，但可能经历多次流产后才能顺利生育。
染色体平衡易位能自然怀孕，但是生化妊娠或自然流产的可能性大。自然成功怀孕的几率大概1/18，生育同样染色体平衡易位的几率约1/18，自然淘汰的占16/18，几乎不会产下畸形儿，但是怀孕成功之后需要查羊水染色体。
寿命没什么影响，易位的人不多。平衡易位是最常见的染色体病之一，染色体数目并不缺少，但是两条染色体的基因片段发生了置换，导致在有丝分裂的时候产生不同的配子。同源染色体之间的平衡易位只能做供精。非同源染色体之间的相互易位有一定的概率能产生正常精子。
自然流产指妊娠不足12周，妊娠自然丧失或终止。自然流产后剥离的胚胎和血液促进子宫收缩，排出妊娠物，产生阵发性下腹部疼痛。妊娠物完全排出后，子宫收缩，出血慢慢停止，复查超声显示子宫内没有瘀血等妊娠物质，表示宫腔内已干净，可以不用清宫，静养半个月再复查超声查看子宫恢复情况就可以了。如果自然流产后，阴道仍有血液流出，且时间超过一周，考虑子宫收缩不良或并发其他子宫并发症，建议在超声检查辅助下行清宫术。
染色体平衡易位是人群中很常见的一种染色体结构变化，是一条染色体的一节片段断裂下来，跑到了另一条染色体上，而接受这一片段的染色体上的一节片段又跑到了前面那一条染色体上了。只要断裂点没有发生基因的断开，因为染色体的总量并没有发生增多或减少的改变，因此，这部分人的表观行为和正常人一样，也不是什么疾病。
